イエズス会東インド巡察師アレッサンドロ・ヴァリニャーノは日本に３年近く滞在した後、１５８２．１２．１４日付けでマカ オからフィリッピン総督フランシスコ・デ・サンデに次のよう な手紙を出している。

　これによれば、スペイン国王によるシナの植民地化が狙われており、イエズス会東インド巡察師がその手引きをしていることが判明する。但し、日本は様々な事由で征服の対象としては不向きであるとも述べている。但し、その武力はシナ征服に使えるから、キリスト教の日本布教を重視する必要がある、と述べている。

　１５８４年、宣教師スパ ル・コエリョやルイス・フロイスら３０余名の一行が落成したばかりの大阪城に出向いている。この時のことかどうは分からないが、秀吉は南蛮服を着たり、牛肉に舌鼓したと伝えられている。

　キリシタン宣教師の中で、イエズス会日本準管区長ガスパ ル・コエリョが最も行動的であった。当時の日本は準管区であったので、コエリョは、イエズス会の日本での活動の最高責任者であった。　

　１５８５(天正１３)年、コエリョは当時キリシタンに好意的であった豊臣秀吉に会い、九州平定を勧めた。その際に、大友宗麟、 有馬晴信などのキリシタン大名を全員結束させて、秀吉に味方させようと約束した。さらに秀吉が「日本を平定した後は、シナに渡るつもりだ」と述べると、その時には２艘の船を提供しよう、と申し出ている。当時、日本には外航用の大艦を作る技術はなかったので、それは有り難い申し出であった。これによれば、当時、宣教師は軍事コンサルタントも兼ねていた様子が判明する。シナ攻略に宣教師が一枚噛んでいたことも判明する。秀吉は、コエリョの申し出に満足したが逆に、イエズス会がメキシコやフィリピンを征服したように我が国を侵略する野望を持っているのではないかと疑い始めた。

　１５８７年(天正１５)．５月、秀吉は京都を前田利家に５千の兵で守らせ、大坂城は秀次の１万の兵を置き、畿内を固めた上で九州に向け出陣した。利家は留守役に回ったが、すでに越中三郡を与えられ一人前の大名となっていた前田利長が秀吉軍に加わった。利長ら３０カ国から集められた秀吉軍は総勢４万。

　先頭に高山右近の軍勢があった。２年前に明石に転封となっていた右近が秀吉軍に加わり九州に向かったのは４月末だった。フロイス「日本史」によると、右近は秀吉軍の前衛総指揮官の役を命じられて明石を出陣した。６００の歩兵、百の騎兵と多数の雑役で組織された右近軍は「ある者は十字架を兜（かぶと）に、あるいは旗に付け、また他の者はそれを衣裳に描き」、「鎧（よろい）の上から大きな十字架を下げて」行進した。進軍先では真っ先に敵を切り、秀吉の本陣を率先して守るなど、並々ならぬ貢献ぶりだったという（別の当代紀などには総勢１３００名で旧暦２月に出陣の命を受けた、とある）。

　秀吉が九州平定のために博多に下ると、コエリョは自ら作らせた平底の日本にはまったくない軍艦に乗って、大提督のような格好をして出迎えた。秀吉の軍をおおいに驚かせた。　

　肥後八代（熊本県）で島津義久勢を一蹴した秀吉は、軍を博多に引き返し、６月、筥崎宮（はこざきぐう）（地名は箱崎）に陣を張った。博多湾に近い千代の松原で茶席をもうけ、博多の有力商人たちを取り込んだ。堺と並び国際交易都市で知られた博多は、度重なる戦火で著しく荒廃していた。薩摩を支配下に置き、西日本を完全制圧した秀吉は次なる目標、大陸進攻の基地として博多の街の復興にとりかかった。

　秀吉の天下取りの思惑とは別に、大村、有馬の両キリシタン大名を脅かす九州の雄、島津を打ち破るのは右近の願いでもあったと推定できる。秀吉と右近の関係は九州平定でますます強固になったと思われた。だが、秀吉は九州を一巡する間、キリシタン大名によって無数の神社やお寺が焼かれているのを見て激怒した。秀吉は、かっての一向宗と同じ存在になる危険性を嗅ぎ取った。否、むしろもっと空恐ろしいものを感じ取った。

　１５８７．７．２４日（天正１５．６．１９日)、豊臣秀吉が、島津を破り、右近の役割が終わったのを見計らったように箱崎の陣にあった秀吉は突然宣教師達を呼びつけ、「バテレン（伴天連）追放令」を出し、右近に棄教を迫った。

　軍事力を誇示するコエリョに対してキリシタンの野望が事実であると確信し、キリスト教を禁ずること、宣教師を国外退去に命ずることを伝えた。これが「天正(てんしょう)の禁令」として知られる第１回のキリシタン禁止令であった。以後徳川時代にかけて、次々に発せられていくことになる。続く措置として、秀吉は、長崎の公館、教会堂を接収した。

　近年解読されたイエズス会文書館所蔵の資料から、日本で布教を続ける宣教師達が本国と連絡を取り合いながら、キリシタン大名を競合して「日本占領計画」を持っていたことが判明した。ヨーロッパ最強と謳われたスペインの海軍力がその背景だった。となると、追放令は、その計画を察知した秀吉の自衛対抗的措置だったことになる。弾圧を強める秀吉に対して、宣教師側は四国・九州攻撃と日本国内への軍事基地の建設まで企てていた。頂点に達した両者の緊張は、秀吉の死よって終止符を打つ。しかし、キリスト教禁制はその後も徳川幕府２世紀半の鎖国政策に引き継がれていった。

　秀吉は、次のように宣告した。

「なぜ伴天連たちは地方から地方を巡回して、人々を熱心に煽動し強制し'て宗徒とするのか。今後そのような布教をすれば、全員を支那に帰還させ、京、大阪、堺の修道院や教会を接収し、あらゆる家財を没収する」。

　国内向けとみられる法令は１１カ条からなっており、次のような内容であった。

「キリシタン信仰は自由であるが、大名や侍が領民の意志に反して改宗させてはならない」、「一定の土地を所有する大名がキリシタンになるには届けが必要」、「日本にはいろいろ宗派があるから下々の者が自分の考えでキリシタンを信仰するのはかまわない」、１０条「日本人を南蛮に売り渡す（奴隷売買）ことを禁止する」、１１条「牛馬を屠殺し食料とするのを許さない」。

　秀吉が指令した「バテレン追放令」は、世界のキリスト教史でも重大事件で、「バテレンたちの数百枚に及ぶ膨大ともいえる文書がヨーロッパに存在している」（「南蛮のバテレン」松田毅一著）という。日本側にも資料は多く、博多で秀吉の茶会に同席していた茶人紙屋宗湛（かみや・そうたん）が残した日記によれば、天正１５．６．１９（西暦では１５８７．７．２４）日、秀吉の宴席から２人の使者が出され、１人は博多湾に浮かぶバテレンの船へ、もう１人は高山右近の陣営に走ったと書かれている。

　この年、秀吉は、長崎を直轄領にした。

　キリシタン勢力が武力をもって、アジアの港を手に入れ、そこを拠点にして、通商と布教、そしてさらなる征服を進める、 というのは、すでにポルトガルがゴア、マラッカ、マカオで進めてきた常套手段であった。また大村純忠は軍資金調達のために、長崎の領地をイエズス会に寄進しており、ここにスペインの艦隊が入るだけでクルスの計画は実現する。しかし、この計画は未遂に終わった。

　「キリシタンに世界侵攻の危険を感じとった徳川三代の情勢判断」は、次のような逸話を紹介している。興味深いので転載する。

　１５９２年、朝鮮に出兵した(文禄の役)。初期は朝鮮軍を撃破し漢城を占領したものの、しだいに朝鮮各地での義勇軍の抵抗や李舜臣率いる朝鮮水軍の活躍、また明から援軍が送られてきたことで、戦況は悪化して休戦した。しかし、講和が決裂したため、１５９７年、再び朝鮮に出兵した(慶長の役)。

　１５９８．８．１８日、秀吉はその最中に五大老筆頭の徳川家康や秀頼の護り役の前田利家に後事を託して伏見城で没した（享年６２歳）。

　秀吉の辞世の句は「露と落ち 露と消えにし 我が身かな 浪速のことは 夢のまた夢」。

　秀吉の死を契機に、慶長の役は終了した。この戦争で朝鮮の軍民と国土は大きな被害を受け、また日本側でも多くの武士が戦死し豊臣家と家臣の間に亀裂が走った。次の徳川時代では戦争によって悪化した日朝関係の改善が外交の課題の一つとなった。