１５１２年、スペイン軍が、フランスと戦うという口実のもとにナバラを占領した。ザビエル家はもちろんのこと、ナバラ人の大部分は反対したが、３年後の１５１５年、７００年前から続いていたナバラ王国は初めてスペインのものになった。翌１５１６年、城は、ナバラ人の暴動を防ぐため家族の住まいだけを残して壊された（現在では復元されている）。

　パリの９名の同志は、勉学を終えてから、イグナチオの待っているベネチアに行くことになっていた。１５３６．１１月、出発し、ドイツとスイスの敵の軍隊の間をかいくぐりながら寒い時期3か月かかって１５３７．１月にベネチアに到着した。そして病人の世話などをしながら、エルサレムへの巡礼の機会を待つ。続く３か月の間にローマへ巡礼を行なう。

　１５３７．６．２４日、ベネチアで司祭に叙階され初ミサをささげた。９．３０日、聖ミカエルの日にローマの聖ペテロ聖堂で、最初のミサをあげた。こうして、キリスト教宣教師の道へ踏み出した。　「聖フランシスコ・ザビエル」は、次のように記している。

　１５３９．６月、ザビエルはイエズス会の初代の秘書となった。１５４０．３月、リスボンに向う前の晩まで秘書の任に当たっていた。「聖フランシスコ・ザビエル」は、次のように記している。

　１５４０．３．１４日、ポルトガルの大使はローマを出て陸路でイタリア、フランス、スペインを通って目的地リスボンに着いた。ザビエルも随行員の一人として同行した。インドに派遣されていたもう一人のイエズス会員シモン・ロドリゲスは船でポルトガルに着いた。イエズス会活動が本格的に始まり、国王ジョアン３世は、二人の神父や会に加わったばかりの他の若者の活動を大いに喜んだ。束の間、ザビエルは、東洋宣教を志した。反対も強かったが、シモン・ロドリゲスがポルトガルに残り、ザビエルだけがインドに行くこと になった。

　１５４１．４．７日、３５歳の誕生日であるこの日、ザビエルと共に二人の若者ミセル・パウロとマンシラスがインドに向かってリスボンをあとにした。インドのゴアに着いたのは１年１か月後の１５４２．５．６日であった。途中モザンビークで半年滞在を余儀なくされている。アジア（ゴア、コーチン、セイロン、マラッカ）布教が始まった。インドの西海岸にあり、北のイスラム教と南のヒンズー教の間に位置していたゴアには３２年前からすでにポルトガル人が住んでいた。ゴアは、アジアの教会の中心であり、東洋のローマと言われた。フランシスコ会の修道者が活動していた。マンシラスは後にゴアで司祭となった。

　彼が１５４８年イエズス会士宛にあてた手紙によると、ある信用のおけるポルトガル商人から、最近日本と呼ばれる大きい島国が発見されたと書いている。その商人によると、日本人は知識欲が旺盛で、そこに行けば国中に布教することが出来るであろうと語っている。

　１５４８年、ザビエルがゴアに戻るとヤジロウとその弟と従者も従い、同地でキリスト教の洗礼を受けた。

　後にやはりザビエルの依頼で、ランチロッティ神父もヤジロウから聞いた話に基づいてもう一つの報告書を書いた。ザビエルがイタリア語からスペイン語に訳して、１５４９．１月、ローマのイグナチオへ送っている。内容はほとんど日本人の宗教（宗派，僧侶，僧院）についてである。インドの総督も、ガルシア・デ・サ，ランチロッティ神父に、ヤジロウから聞いた日本の政治や軍事的な報告書を頼んでいる。

　１５４９．４．１５日、ザビエルは、イエズス会員コスメ・デ・トーレス神父、ファン・フェルナンデス修道士、マヌエルという中国人、アマドールというインド人、およびヤジロウら三人の日本人と共にゴアを出発、日本を目指した。

　１５４９．８．１５日、聖母被昇天の祭日のこの日、鉄砲伝来の６年後、イエズス会の宣教師フランシスコ・ザビエルが、ヤジロウの案内で二人のイエズス会士、コスメ・デ・ドーレスと、ジョアオ・フェルナンデスと共に薩摩（鹿児島）へ上陸した。「初めて日本に歯車の時計を持ってきたのはザビエルでした」。

　９．２９日、ザビエルは、薩摩藩主の島津貴久に謁見し、宣教のための許可を求めた。ポルトガルとの貿易を望んでいた貴久は、快く許可を与え、小さな家も貸し与えた。鹿児島で「多くの市民と奉行に歓迎を受け、領主から厚遇され、およそ１年鹿児島に滞在しました」とフェルナオ・メンデス・ピントは記録している。後に日本人初のヨーロッパ留学生となる鹿児島のベルナルドなどに出会っている。（１５５０．７月、ポルトガル船が、鹿児島ではなく平戸に停泊したことを契機に、貴久はキリスト教を禁止する）

　８月、ザビエルは仲間とともに平戸に行き、領主 松浦隆信に謁見し、宣教の許可を得た。彼は家臣の木村家に滞在した。木村家の家族全員が洗礼に導かれた。２カ月の間ザビエルは肥前の平戸に滞在し、１００人の人々に洗礼を授けた。この頃のことと思われるが、次のように伝えられている。

　ザビエルは平戸の信徒の世話のためにトーレス神父を残して、鹿児島のベルナルド、フェルナンデス修道士と共に京都を目指した。１１月、ザビエルは博多を経て周防（山口）に辿り着く。一行は、なんとか領主の大内義隆に謁見できることになったが、男色を罪とするキリスト教の教えに大内が激怒したため山口を離れ、岩国から海路堺へと赴いた。堺では幸運にも豪商の日比屋了珪の知遇をえることができた。

　１５５１．１月、一行は、了珪の助けによって念願の京に到着した。京都では了珪の紹介で小西隆佐の歓待を受けた。日本国内での活動は了珪の邸宅の一部を間借りして行われ、その場所が現在では「ザビエル公園」（大阪府堺市）として市民に開放されており、顕彰碑が建てられている。

　ザビエルは京で「日本国王」に謁見し、布教の許可を得ることで全国での布教が自由になると考えていたが、京は応仁の乱の戦乱で荒れ果て、足利幕府の権威は失墜し、後奈良天皇の住む御所も荒れ放題であった。ザビエルは比叡山で僧侶たちと論戦を試みたが、相手にされなかった。天皇への拝謁も献上品がなければかなわないことを知ってあきらめたザビエルは滞在わずか１１日で失意のうちに京都を去ることになった。京都にきたものの、天皇との謁見も宣教も許されず、比叡山に入ることもできなかった。

　１５５１．３月、ザビエルは都を去り平戸に戻った。残していた贈り物用の品々をもって山口へ向かい、 再び領主の大内義隆に拝謁した。それまでの経験で、日本では外見が重視されることを見抜いたザビエルは一行にきれいな服を着せ、ゴア総督の国書を献じ、その他貴重な文物を献上した。大内義隆は喜んで布教の許可を与え、ザビエルたちのための住居まで用意し、教会を建てた。フロイスの日本史によると、概要「ザビエルはインドの総督の大使のように装い、絹の着物を着て大名を訪問し、インドからの贈り物を献上した」と記している。ミヤコの天皇の代わりに山口の大内義隆に贈物をささげたことになる。

　その時にささげられた贈物は、その数１３であった。１５５１年に書かれた「義隆記」には次のように記されている。

　ザビエル自身は、ローマへの手紙で次のように書いている。

　無人の寺を住居として宣教をはじめたザビエルは、滞在した４カ月の間に、５００人以上の人に洗礼を授けた。山口で布教しているとザビエルたちの話を座り込んで熱心に聴く目の不自由な琵琶法師が現れた。彼はキリスト教の教えに感動し、ザビエルに従った。彼こそが後にイエズス会の強力な宣教師となるロレンソ了斎である。

　陶晴賢の謀反で大内氏が滅ぶと、大友宗麟を頼った（陶晴賢は、謀反の事を大友氏に知らせ、ザビエルを大友に預けた節が見られる）。１５５１．９月、ザビエルは、山口の教会を、平戸から呼びよせたトーレス神父に任せて豊後に向かった。大分の府内に行き、22歳の青年領主大友宗麟に謁見している。後に宗麟は２番目の妻ジュリアと娘キンタとともにカトリックへ改宗した。

　インドのイエズス会に多くの困難があることを知らされたザビエルは、出港するドゥランテ・ダ・ガマの船で一度インドに帰り問題を解決することにした。トーレスらを残して出発、中国の上川島を経てインドに向かった。このとき、ザビエルはヨーロッパを見せようと優秀な日本人青年を選抜して同行させた。それが鹿児島のベルナルド、マテオ、ジュアン、アントニオという四人の青年たちであった。

　１５５１．１１．１５日、ザビエルは豊後を出港しマラッカへ向かった。ザビエルは日本には２年３ヶ月滞在したことになる。（日本布教が困難であることを知る、という理由付けも為されている。それによると、「日本文明の原点とも言える中国を布教をし、その後に日本をキリスト教化する事に政策を変換した」とのことである）

　１５５２．２月、途中、種子島に寄りながらインドのゴアに到着。インド司祭の養成学校である聖パウロ学院にベルナルドとマテオを入学させた。マテオはゴアで病死するが、ベルナルドは学問を修めて初めてヨーロッパに渡った日本人となった。

　ザビエルは、日本に滞在中、５通の手紙を送っている。すべて鹿児島から出した手紙である．日付は在日３ヵ月後の１１．５日になっている。ゴアにいる同僚あての手紙が一番長く、日本人についての報告は驚くほど細かく正確である。日本から出した手紙は2年間の間ほかにはない。

　１５５２．１月、インドへ戻ってから書いたローマの同僚あての長い手紙が残っている。鹿児島，都，豊後，そして主に山口での活動についての手紙である。

概要「日本に行く人は困難とともに霊的な慰めも得ます。日本についてはまだたくさん書くことがあって尽きません……。私はこれほど親しく、これほど愛している神父たちや修道者たちに手紙を書いているのですし、またもっとも親しい間柄の日本の信者たちについて書いていますので、あり余るほど書くことがあるのですけれど、ここで筆をおきます」。

　 １５５２．４月、体を休める間もなく、ザビエルはゴアを出発、マラッカを経て日本へ向かうつもりであったが、日本布教のためには日本文化に大きな影響を与えている中国にキリスト教を広めることが重要であると考え、バルタザル・ガーゴ神父を代わりに日本へ派遣した。

　ザビエルは中国入国を目指して8月に上川島に到着した。（ここはポルトガル船の停泊地であった。）そして、中国へ渡るために、すぐさまサンチャン島へ向けて出発した。しかし、彼を中国本土まで連れていってくれるはずのシナ商人がいつまでたっても現れず、そうこうしているうちに、１５５２．１１．２１日、ザビエルは広東に近い上川島(Sanchao)で熱病で倒れた。

　「聖フランシスコ・ザビエル」は、ザビエルの最後の様子を次のように記している。

「ただ高熱の結果としてうわ言を聞くことができた。顔はどこまでも朗らかで、輝く眼を天に向け、恰も説教するかの如く、５時間も６時間も懸命に声高く、いろいろの国語を以って話し続けた。従って、アントニオには、神父がラテン語で『イエズス、我をあわれみ給え』と言ったことだけしか理解することが出来なかった。イエズスの聖名は、頻繁に聞くことが出来た。八日目の日曜日に至って、神父は意識を失い、ものも言わなくなった。それが再び快復したのは木曜日のことで、それ以後はまた『イエズス、我を憐れみ給え。聖母マリア、我を顧み給え』という言葉の反復されるのだけを了解することが出来た」。

(私論．私見)　ザビエルのうわごとについて 　ザビエルが、うわごとで、概要「アントニオには理解できなかったいろいろの国語を以って話し続けた」との証言は意味深ではなかろうか。恐らく、ユダヤ人の母国語であるヘブライ語でうわごとを云っていたのではなかろうか。

　１５５２．１２．３日の早朝、息を引き取った（享年４６歳）。

　１６１９．１０．２５日、ザビエルは、教皇パウルス５世によって列福され、１６２２．３．１２日、盟友イグナチオ・ロヨラと共にグレゴリウス１５世によって列聖された。

　ベルナルドは、ザビエルに愛され弟子となった、もう一人の鹿児島の青年で、ザビエルの京都旅行にも随行し寝食を共にした。ザビエルは彼の才能を見抜き、学問のためヨーロッパに送った(天正の使節より約３０年早い)。ベルナルドは日本人で初めてヨーロッパへ留学したことになる。ベルナルドはポルトガルのコインブラ大学で学び、その後ローマで、当時のローマ教皇パウロ３世やイグナチオ・ロヨラにも謁見し、ポルトガルの大学で、勉学に励んだ。１５５３年、リスボンで入会、修道士となった。１５５７年、コインブラで若くして客死した。

　１５３２（天文元）年、リスボンに生まれる。

　信長の対イエズス会政策を継承していた豊臣秀吉は、やがてその勢力拡大に危機感を抱くようになり、１５８７（天正１５）．６．１９日、伴天連追放令を出すに至ったため、フロイスは畿内を去って有馬の加津佐でキリシタン諸侯の保護を受けたのち１５９０年、長崎に落ち着いた。フロイスは、それまでの誼が功を奏し、医学研究に協力することを条件に日本残留を許可される。「石田三成に従い、幻魔研究に没頭。周囲を顧みない非道な実験を重ね、三成たちにとって有益な結果をもたらしている」とある。

　１５９０年、帰国した天正遣欧使節を伴ってヴァリニャーノが再来日すると、フロイスは同行して聚楽第で秀吉と会見した。

　１５９２年秋、ヴァリニャーノとともに一時マカオに渡ったが、１５９５年、長崎に戻る。１５９７（慶長元）年、『二十六聖人の殉教記録』を文筆活動の最後に残し、５．２４日、修道院で没した（享年６５歳）。大著「日本史」、「日欧文化比較」、「日本二十六聖人殉教記」他、多数の書簡を遺している。

　宣教師ルイス・フロイスは、中世日本の女性とその風貌、風習について、次のように日欧文化比較している。

　宣教師ルイス・フロイスは、中世日本の子供の様子、習俗について、次のように日欧文化比較している。