この頃、教祖は、人間平等観を貴重にして、明治新政府の動きに対し次のように批判している。

　鵜飼秀徳「仏教抹殺　サブタイトル／なぜ明治維新は寺院を破壊したのか」その他参照。

　「祭政一致の布告」、｢神仏分離令｣の布告の作用は一千年以上も続いた神仏混肴の状態を打ち破り、純然たる本来の神道の姿に戻す為、多年｢神ながらの道｣と習合して、大きな影響を与えてきた儒教、仏教をはじめ、その他一切の外来思想を強制的徹底的に排除するという極端な方向を生み出し、為に全国でいわゆる｢廃仏毀釈運動｣を引き起すこととなった。「廃仏」は仏を破壊し、「毀釈」は、釈迦の教えを壊すという意味である。

　中世以降江戸時代まで神道と仏教が混淆していた。寺と神社双方が祈祷、念仏、祓（はらえ）、雨乞いをし、同じ境内地に共存して大権現化していた。それが神仏分離令により、「神社に祀（まつ）られていた仏像・仏具などを排斥、神社に従事していた僧侶に還俗（僧侶をやめて俗人に戻ること）を迫り、葬式宗教への切り替えなどを命じた。新政府が打ち出した当初はあくまでも神と仏の分離であり、寺院の破壊を命じたわけではなかった。だが、時の為政者や市民の中から神仏分離の方針を拡大解釈する者が現れた。そして彼らは、仏教に関連する施設や慣習などを悉（ことごと）く壊していった。

　廃仏毀釈運動は激烈に行われ、全国に燎原の火の如く伝わった。神道家（神職・官吏ら）に率いられた一部民衆が寺院に押しかけ、搭堂を打ち壊したり、仏像、仏具、経巻、什器などを破壊焼却して廻った。その為、多くの寺院が廃寺状態に陥った。神仏分離と廃仏毀釈は、日本における国家公認の宗教をそれまでの仏教から神道に転換させることにあった。７年余の運動を通じて、その目的はほぼ達せられた。

　全国の発端になったのは仏教の一大拠点であった比叡山の麓（ふもと）の日吉大社（滋賀県大津市坂本）神官の蜂起だった。日吉大社は全国に3800社以上の日吉、日枝、山王と名のつく神社の総本宮である。 社伝では第１０代天皇の崇神天皇の時代(３−４世紀頃？)に、比叡山の山頂から現在の大津市坂本の地に移されて日吉大社が創祠され、その後、天智天皇7年(668)に大津京鎮護のため三輪山を神体とする大神(おおみわ)神社の大物主(おおものぬし)神が勧請されている。そして延暦7年(788)に最澄(さいちょう)が比叡山上に延暦寺を建立し、比叡山の地主神である日吉大社を天台宗・延暦寺の守護神として崇敬したという。このようにして比叡山では山岳信仰と神道と天台宗が融合していって、鎌倉期には山王権現(日吉大宮権現)は釈迦の垂迹であるとする山王神道の教学が形成されていた。１８６８．４．１日、太政官布告からわずか４日後、四十数人の武装した神官たちが日吉大社に乱入し、延暦寺側の責任者に社殿の鍵の引き渡しを要求した。押し問答の末、神官らは本殿になだれ込み、祀られていた仏像や経典、仏具などに火を放った。その数、１２４点に及んだ。暴徒の中には神官から雇われた地元坂本の農民１００人も含まれていた、とされている。日吉大社は延暦寺に支配されており、神官らは僧侶に虐げられているという意識があった。坂本は延暦寺が支配していて、小作人に重い年貢を背負わせてきた延暦寺への反感が噴出したという見方もあるようだ。

　羽根田文明氏の仏教遭難史論にはこう書かれている。

　こうした混乱にあわてた新政府はすぐ仏教施設の破壊を戒める太政官布告を出すが、破壊の勢いはとどまらなかった。一方で、仏教勢力の弱体化を図りたい政府は上地令（あげちれい）という土地召し上げ令を出す。上地令は1871年と1875年の2度にわたって出され、とりわけ京都や奈良の大寺院が被害を被った。京都市編纂の「京都の歴史」によると、清水寺は10分の1以下、東本願寺も半分以下の面積になった。約500メートルの新京極通も多くの寺院の整理によって出現した。奈良も同様で、興福寺は今も大伽藍を擁するが、奈良国立博物館、奈良県庁、奈良地裁や奈良ホテルなどはすべて興福寺の寺領に建っている。東京も同様だった。徳川家の菩提寺・増上寺は広大な寺域を抱えていたが、上地令で寺領を大幅に減らした。その地に後に芝公園や東京プリンスホテルなどができた。東京郊外の高尾山も例外ではなかった。高尾山薬王院は上地令で、「寺領720余町歩のうち、境内地10町歩を残して没収され、高尾山の大部分は国有林になってしまった」。

　神祇官制度の復活により、徳川幕藩体制下では吉田、白川家に委託していた神祇職は廃止となり、両家に所属していた全国の神社は一部を除いて政府の直轄と定められた。注目すべきは、天皇の祖神である天照大御神を祀る伊勢神宮を神社の中での最高位に置いたことである。それまでの日本神道は、大和王朝建国後の神道のみならず、それまでに形成されていたいわば古神道と共存していた。古神道では、山の奥地にある巨石を祀り、何らかの祭祀を行ったとみられる跡が数多く発見されている。広島の葦獄山や、富士山の南隣に位置する愛鷹山、大和の三輪山などには、古代の日本人が、祭祀の目的で祀ったり築いたりしたと見られる巨石が今でも存在する。こうした信仰は、長い年月の間に神の概念、神話、祭事法、道義、倫理観などを形成していった。そして、有史に入ると、やがて神道として体系化されるに至ったという経過がある。こうした様々な特徴特性を持つ神道が、この時期新政府の方針の下に伊勢神道を頂点とする一元的支配が確立されたことが着目される。

　上代には天社 (あまつやしろ) ，国社 (くにつやしろ) の別があり，律令が制定されると，官幣の大社、小社、国幣の大社、小社の別が立てられていたところ、この時期に全国の神社は伊勢神宮を頂点とする官社（官幣社の大社、中社、小社、国幣社の大社、中社、小社）、別格官幣社、諸社（府社、県社、郷社、村社、無格社）という社格で秩序化され、ピラミッド型に編成、統合された。

　また、神官の教導職兼補は廃止となり、神社は完全に一般の宗教とは別な扱いになり、国家の一元的な管理下に置かれることとなった。ここに、「神社神道」と「国家神道」が一体のものとなった。これを仮に｢近代国家神道｣と命名する。これにより異端宗教が排撃の対象となり、神社は国民の意識を束ねる精神的統合の象徴として政治的に利用されることになった。神祇官の下に、宣教使（後の教導職）制度が創設され、神道精神をあまねく交付する為の任に就くことになった。神職の世襲否定と補任制の確立、全神社への社格制の導入等々が矢継ぎ早に施行されていった。　

　天皇は、都を京都から東京に移転させ、それまでの仏教的影響を受けた存在から純神道的なあらひと神(現身神)になり、神道の宗家となった。宮城(皇居)内に、天照大神以前の神々を祀る神殿と皇祖天照大神の賢処と、歴代の天皇の霊を祀る皇霊殿という神社を創設して、宮中三殿と称した。京都御所にはこうした神社はなく、真言院というお寺とお黒戸という仏間しかなかったことを考えると様変わりであった。

　日本書紀の用明紀に｢天皇、仏法を信じ、神道を尊ぶ｣とある。仏教が、古来よりの伝統に対する新たなイデオロギー的なものであった点も見落とせない。古くは聖武天皇が｢三宝の奴｣と名乗り、又、弘法大師が密教を伝えたときに、嵯峨天皇が大日如来となって政治を行うと＊かん頂を行っている。それ以降天皇は仏弟子ということになって来ていた。この伝統が廃棄され、｢伊勢神道式秩序化による国家神道の創出｣が押し進められていったことになる。

　明治維新は政体の改変を通じて当然のことながら旧価値観の動揺と新価値観の創造と言う動乱時代の招来でもあった。この時代に教祖は厳然と、｢明治新政府の唱える近代王政復古｣とは異なる、古来よりの伝統的な醇風美俗な古神道的な生活規律を現代風に焼き直した道筋を指し示そうとしていた。これの詳細は、別章【お道の教理研究】の別章【教理各論原形】の回天論各論に記す。

　｢王政復古｣よる｢近代国家神道｣の誕生は、伊勢神道の下に神道を序列化せしめ、明治天皇がその神に仕えることによってその権威で現世的支配権を得させ、それを明治維新政府が政治利用して行くと云う構造を見せていた。教部省、文部省の天皇制イデオロギー、各種の神話（国産み神話、国譲り神話、天孫降臨、天照大神の神勅、神武天皇東征、八紘一宇の詔勅）等々は、これによる政策物であった。教祖は、この論理式を真っ向から否定する教理を生み出し、道人を結集せしめつつあった。これが弾圧の背景となる。