しかし右近は次のように答えた。

　右近はいさぎよく領地を返上。 まわりの者たちは、そのような秀吉の怒りをかうような返答ではなく、口だけでも秀吉の意に沿うようにしてはどうかと忠告したが、右近はそのことばどおり伝えるように使者に命じた。 しかし秀吉は、なおも棄教を勧めた。秀吉の条件は「領地は無くしても熊本に転封となっている佐々成政に仕えることを許す、それでなお右近が棄教を拒否するならば他の宣教師ともども中国へ放逐する」というものであった。しかし右近はこの譲歩案も拒否し、いかなる立場に置かれてもキリシタンをやめはしない、霊魂救済のためには、たとえ追放されても悔いは無いと答えた。

　日本側の資料には、秀吉が右近の茶の師である千利休を使者として遣わし説得に努めたと記されている。しかし利休の説得も謝絶し次のように答えている。

　翌日の６．２０日、右近は博多沖の小島に身を隠し、明石にいる家族と主だった人々に知らせ、家族に淡路島に来るように伝え、自分も後に淡路島へ向かった。右近は家臣に対し、おのおのの妻子のために配慮し、糊口を求めよ、と気遣った。この時、長男十次郎は１２歳、娘ルチアは生まれたばかりであった。

　教会は没収または破壊され、パアデレ退去の命令が出た。多くのキリシタン武将も棄教を迫られ、実際に棄教したもののいた。 黒田官兵衛はその功績のゆえに豊前を与えられていたが、棄教しなかったため、かなりの領地を没収された。

　オルガンティノ神父は宣教師とセミナリオの生徒を平戸へ非難させ、京都の信者は近江へ逃れさせた。オルガンティノ神父、右近らは小西行長の領地であった淡路島の室津に集合した。行長はキリシタンであったが秀吉の追放令に動揺し、宣教師に会うことを避けていたが、ようやく室津に来て、決心を固め、小豆島を彼らの隠れ家として提供し、彼らを守ることを約束した。当時小豆島の代官はマンショ三箇であり、行長が宣教師派遣を要請して、島民の多くがキリシタンになった所であった。

　このとき右近が皆に語ったことばがイエズス会年報に記されている。

　小西行長は右近一家のため小豆島に隠れ家を用意。パアデレには室に隠れ家を用意した。パアデレは日本人の姿で籠にのり、潜行して信者を励まして回った。秀吉は行長がかくまっていることを知ったが行長は堂々と答え、右近を弁護した。しかし翌天正１６年(1588)小西行長は肥後南半および天草諸島３２万石へ転封になった。右近らも結城弥平次、日比屋ヴィセンテらと共に九州へ向かった。行長は、３２万石という新たに得た莫大な禄で右近の旧家臣を迎えいれ、キリシタン、イエズス会を援助することができた。

　右近は有馬に隠れていたコェリョと再会。この迫害を招いた彼の過去の失敗は一切責めることはなかった。コェリョも右近の勇敢さを讃え、自らの書簡の中で次のように記している。

　コエリョはその後もスペイン国王に軍隊を派遣するように要請していたが、巡察士ヴァリニャーノが、それを阻止し、生糸の日本への輸出を差し止めるという手段により、事実上、伴天連追放令を骨抜きにした。

　キリシタン勢力が武力をもって、アジアの港を手に入れ、そこを拠点にして、通商と布教、そしてさらなる征服を進める、 というのは、すでにポルトガルがゴア、マラッカ、マカオで進めてきた常套手段であった。また大村純忠は軍資金調達のために、長崎の領地をイエズス会に寄進しており、ここにスペインの艦隊が入るだけでクルスの計画は実現する。しかし、この計画は未遂に終わった。

　１５９２年、朝鮮に出兵した(文禄の役)。初期は朝鮮軍を撃破し漢城を占領したものの、しだいに朝鮮各地での義勇軍の抵抗や李舜臣率いる朝鮮水軍の活躍、また明から援軍が送られてきたことで、戦況は悪化して休戦した。しかし、講和が決裂したため、１５９７年、再び朝鮮に出兵した(慶長の役)。

　１５９８．８．１８日、秀吉はその最中に五大老筆頭の徳川家康や秀頼の護り役の前田利家に後事を託して伏見城で没した（享年６２歳）。

　秀吉の辞世の句は「露と落ち 露と消えにし 我が身かな 浪速のことは 夢のまた夢」。

　秀吉の死を契機に、慶長の役は終了した。この戦争で朝鮮の軍民と国土は大きな被害を受け、また日本側でも多くの武士が戦死し豊臣家と家臣の間に亀裂が走った。次の徳川時代では戦争によって悪化した日朝関係の改善が外交の課題の一つとなった。　

　１６００（慶長５）年、日本伝道はイエズス会に限るとした回勅は撤回されフランシスコ会、ドミニコ会、アゴスチノ会などが宣教師を派遣し、日本におけるキリスト教伝道が活発化した。これに対する弾圧も激しくなった｡１６００年の関が原の戦いでクリスチャン大名の小西行長が破れ、その領土が加藤清正の手に渡るとキリスト教弾圧が激しくなった。