第二次ブントは、１９６９年の「４．２８縄闘争」の総括をめぐって、前段階武装蜂起を唱える最過激派と、それを時期尚早として反対する主流派が深刻な組織内対立を起こす。
７．６日、第二次ブントが、第７回大会、第８回大会、１９６８．１０・２１防衛庁闘争、１９６９．４．２８闘争以来の党内対立を調整する為、７・６中央委員会開催を召集した。塩見孝也率いる赤軍派フラクション１５０〜２００名が、東京医科歯科大学で総決起集会を行った。政治局らは明大和泉校舎、中大グループは中大駿河台校舎に武装終結した。その後、赤軍派はブント中央委員会会議が開かれる予定だった明大和泉校舎へ行き、党中央の仏派と赤軍派が対峙し、赤軍派が「ファシズム到来前の前段階武装蜂起＝臨時革命政府樹立を目指すべきだ。指導力をなくした仏派に代わって中央を担う用意がある。今の指導部では７０年安保を戦えないから、党の革命を断行する」ことを宣言し、武闘が開始された。赤軍派が制圧し、ブント議長・仏（さらぎ）徳二氏を拉致監禁、暴行に及んだ。機動隊が包囲し始め、赤軍派が撤退し始めた時に機動隊が乱入し、仏議長が逮捕された。
赤軍派の指導者・塩見と田宮が拠点としていた医科歯科大に引き上げたところへ叛旗派系中大全共闘が襲撃し、激闘の後、塩見、田宮、望月、物江等が捕捉され、中大学館に連れ込まれ度重なるリンチを受けた。２週間後の脱出過程で望月が転落死するという事件を発生させた。
塩見はこの間、他の同志と共に赤軍派フラックとして、仏氏リンチと氏を逮捕に追いやったことについて厳正に自己批判し、ブントに処分を仰ぐ旨声明した。「軍事の自然発生性に帰しないは７・６事件以来の戒律であった」とある。この事件が｢ブント大分派闘争｣の始まりとなり、赤軍派が分離独立していくことになる。
１９６９．８．２８日、塩見派３０名が共産主義者同盟・赤軍派（議長・塩見孝也）の結成を宣言して分派する。９月に発せられた赤軍派の結成宣言は次のように述べている。
| 「ブルジョアジー諸君！ 君達にベトナムの仲間を好き勝手に殺す権利があるのなら、我々にも君達を好き勝手に殺す権利がある。君達にブラック・パンサーの同志を殺害しゲットーを戦車で押しつぶす権利があるのなら、我々にも、ニクソン、佐藤、キッシンジャー、ドゴールを殺し、ペンタゴン、防衛庁、警察庁、君達の家々を爆弾で爆破する権利がある。君達に、沖縄の同志を銃剣で突き刺す権利があるのなら、我々にも君達を銃剣で突き刺す権利がある」。 |
赤軍派の指導者であった塩見孝也氏は、当時様々な思想潮流が同居する第二次ブントの中で全国区の人気を誇っていた。 組織内で「日本のレーニン」と呼ばれ、その理論は「一向一揆論」と名づけられて高い評価を受けていた（塩見氏のペンネームは「一向健」）。
９．４日、赤軍派の政治集会が開かれ、３００名程度を動員、自衛武装から攻撃的武装への開始を宣言（「世界革命戦争宣言」）した。武器奪取、街頭遊撃線戦の開始を開始する「大阪＝東京戦争」を指針させ、前段階武装蜂起を宣言した。
翌９．５日、日々谷野外音楽堂で開かれ全国全共闘連合結成大会（議長・山本義隆、副議長・秋田明大）に公然と登場し、烏合の社学同を蹴散らした。
赤軍派は、１９６９．１１月の佐藤（栄作）首相訪米阻止闘争に照準を合わせて武装蜂起の準備に入る。その内容は、日本刀や猟銃で武装した５０〜１００人の部隊が、ダンプカーに分乗して首相官邸に突入、占拠するというものであった。当然、首都東京の主要拠点では、他の過激派（中核派やML派）が鉄パイプや火炎瓶を用いた従来型の武装闘争を繰り広げている、というのがその前提だった。
ところが、１１．５日、首相官邸を襲撃するための軍事訓練を行うため大菩薩峠に結集していた主力部隊が公安警察に摘発され、政治局員数人を含む５３名が逮捕される。これにより、決起戦闘部隊が壊滅させられた。大菩薩峠に公安警察を導いたのは、赤軍派内のスパイだった。これが、いわゆる「大菩薩峠事件」である。この敗北の中で「国際根拠地論」が出てくる。
１１．１２日、大菩薩峠において赤軍派が大打撃を受けた1週間後、塩見議長は赤軍国際部長の小俣昌道（京都大学全共闘議長）を、ひそかに国外の過激派との連携をつくるために羽田から出発させた。当時、アメリカでは、ウエザーマンとかブラック・パンサーといった新左翼系の超過激派が、銃や爆弾を使ってテロ路線を突っ走っていた。このようなアメリカの超過激派と国際的な連携を保ち、「あすの地球をまわす世界赤軍」を構築しようというのが塩見議長の夢であった。
１９７０．１月はじめ、赤軍派は新しい軍事蜂起をめざし、東京の赤坂東急ホテルで｢中央委員会｣を開いた。ここに重信房子を含む14人の赤軍派幹部が集まり、田宮が「フェニックス計画」（＝よど号事件）と名付けた海外脱出計画を明らかにした。
１．１６日、東京で東京集会開催。元東京都学連書紀長・前田祐一（中央大学）の率いる「長征軍」が北海道、東北、北陸、九州をまわって徴兵してきた若者を集めて､神田駿河台の全電通労働会館ホールで開いた武装決起集会で５６０名参加。この集会では「国際根拠地建設、７０年前段階蜂起貫徹」の方針が提起され、ここで赤軍派は｢世界赤軍｣の名の下に、海外に救いをもとめる動きを見せ始めた。
２．７日、大阪で１５００名を集めて蜂起集会を開いた。
１９６９．１２月から１９７０．１月にかけて、国際根拠地論なるものを打ち出す。これは、「労働者国家（北朝鮮やベトナム、キューバなど）」に武装根拠地を建設して世界革命の根拠地にし、後進国における革命戦争と日米の革命戦争を結合して単一の世界革命戦争を展開する、という内容だった。今考えれば戯画であるが、当時のニューマに於いてはそれなりに説得力があった。赤軍派はいくつかの作戦を計画したが、それらの殆どが失敗した。しかし、海外脱出の「フェニックス計画」をあきらめず、赤軍派幹部を含む１３名を「ハイジャック班」として決行することになった。
３月、赤軍派議長の塩見高也と前田祐一の２名が逮捕され、続いて、No.2の高原浩之氏も逮捕される。ここにおいて、赤軍派は、指揮命令系統の中枢と、実力部隊の大半を失い、実質的に壊滅した。
最高指導者が逮捕され、主だった幹部も逮捕や北朝鮮行きで不在になる。そのような絶望的な状況下で、残された部分の一部が１９７１年、パレスチナに渡った。重信被告や奥平剛士、安田安之、岡本公三などである。彼らは、当地で日本赤軍を結成した（正式に日本赤軍を名乗るのは1974年）。そして、パレスチナ解放人民戦線（PFLP）の庇護を受け、軍事訓練に励む。
主要幹部が逮捕されるか、北朝鮮やパレスチナに渡ってしまった中、取り残された赤軍派の軍事組織である中央軍の残党が、京浜安保共闘（日本共産党革命左派神奈川県委員会・毛沢東派）の軍事組織である人民革命軍と合体した。これが、いわゆる連合赤軍である。委員長は森恒夫（赤軍派）、副委員長は永田洋子（京浜安保共闘）、書記長は坂口弘（京浜安保共闘）。
１９７２．２月、この連合赤軍が「あさま山荘事件」を起こし、警官隊との間で壮絶な銃撃戦を展開した。投降した連合赤軍は、「あさま山荘事件」勃発前に「山岳ベース事件」と呼ばれる同志リンチ致死事件を引き起こしていた事が発覚した。１２名が殺害され死体を雪の中に遺棄されていた。
１９７２．５．３０日、奥平剛士、安田安之、岡本公三の３名は、イスラエル・ロッド空港の到着ロビーで自動小銃を乱射。イスラエル警察と銃撃戦を展開する。結果、旅行客ら２６人が死亡、７０数人が重軽傷を負った。奥平、安田の両名は死亡（自決）、岡本は死に損ない捕囚となる。
３人は、事件を決行するに際し、「パレスチナの大儀のために命をささげ、死んだらオリオンの三ツ星になろう」と誓い合ったという。そして自決する。いかにも日本人的な玉砕テロリズムであった（この３人は、今でもアラブ民衆の間では、英雄以上の特別な存在になっている）。
パレスチナに根拠地を持った『日本赤軍』は、その後、数々のハイジャック事件を起こし、アラブでその存在を認知される。が、国際的にはテロ組織とみなされるようになった。１９９０年代以降は、幹部が相次いで逮捕され、また、パレスチナ内部でも左派で、日本赤軍の庇護者だったPFLPが勢力を失い、イスラム原理主義のハマスが勢力を大幅に伸張させるという状況変化があった。重信被告は日本に帰国。２０００．１１月に公安警察に逮捕される。重信被告は、2001年4月、獄中から日本赤軍の解散宣言を行なった。
(私論．私見)