２００４年、７８歳の時、１月、ナベツネが読売新聞グループ本社会長に就任。

　２００４年、パ・リーグにおいて人気が低迷していた大阪近鉄バファローズとオリックス・ブルーウェーブ（現オリックス・バファローズ）の間に合併話が持ち上がった。更に、同リーグの福岡ダイエーホークスと西武ライオンズ親会社の経営危機による身売り説が飛び交っていた。近鉄の命名権売却に反発。

　６月、近鉄のオリックスへの吸収合併が発表され、１リーグ制実現に向け、再度動き出す。新規参入を望むライブドアの堀江氏と球団を減らしたい渡邉氏でプロ野球のあり方をめぐる互いの立場、利害の対立が浮き彫りになった。この問題の解決に、渡邉は西武オーナー・堤義明、オリックスオーナー・宮内義彦らとプロ野球1リーグ構想を画策したものの、ライブドア社長（当時）の堀江貴文が近鉄の買収を名乗り出ている状況下、世論の反発を招くこととなった。

　７．８日、現行の２リーグ１２球団維持を主張し、性急な１リーグ制移行案に異を唱える古田敦也（ヤクルトスワローズ）日本プロ野球選手会会長に対し、この件に関するスポーツ記者（西村欣也）のインタビュー質問「明日、選手会と代表レベルの意見交換会があるんですけれども、古田選手会長が代表レベルだと話にならないんで、できれば、オーナー陣といずれ会いたいと（言っている）」（後に古田自身が全面否定した）の中で「無礼な事を言うな。分をわきまえなきゃいかんよ。たかが選手が」と発言し、世間から猛反発を受ける。

　週刊文春２０１２．１１．１５日号巻頭記事「告発スクープ　ナベツネの違法行為を暴露する読売現秘書部長『爆弾日記』公開！」によると、渡邉は２００４年に不正に運転免許を更新した際、次のような道路交通法違反を犯したとして次のように報道されている。

   この件で、当時の読売新聞警視庁記者クラブキャップ・山腰高士（現・読売新聞東京本社秘書部長）の「日記」がこれを次のように補足している。｢高齢者講習とは、道路交通法改正により75歳以上の高齢者に義務づけられたもの（2002年に70歳以上に改正）で、座学による講義、シミュレーターによる反応検査、運転実習などを各1時間ずつ計3時間受けなくてはいけない。これは高齢者の死亡事故件数の増加のためであった。偽りやその他の不正な手段により交付を受けた者は、1年以下の懲役か30万円以下の罰金に処せられる（今回のケースは時効になっている）。 天皇陛下でも例外ではないという。しかし、ナベツネは部下に『めんどくさい手続きを省いてほしい』と命じ、当時の広報部長などが奔走することになる。教習所の社長に頼み込み、渡辺主筆は何とか出向いたものの、わずか10分で免許の更新を受けたという｣。

　文春はこう結んでいる。「本誌が今回公表した日記からは、違法行為に加担せざるを得なかった記者たちの苦悩が読みとれる。警察権力の監視役である現場の記者たちの報道倫理をねじ曲げた渡辺氏の罪はあまりに重い」。

　２００４（平成１６）年、週刊文春２００８年が、本誌が入手した当時の警視庁記者クラブキャップ（現・東京本社秘書部長）の日記によるとして、渡辺恒雄・読売新聞グループ本社会長兼主筆（86）が、運転免許の更新に際し、７０歳以上に義務付けられた３時間の高齢者講習を、視力検査などわずかな検査項目のみで約１０分で終了させ、道路交通法違反を犯したと報道されている。

　２００６年、８０歳の時、１．５日、刊行された論座（朝日新聞社）において、靖国神社への首相参拝を非難する内容の対談を若宮啓文・朝日新聞論説委員と行う。

　２０１１．３．１１日、三陸巨大震災が発生。この影響で、プロ野球の開幕が当初の３．２５日の予定から延期になることについて、３．１６日の球団激励会の挨拶で、「この前の大戦争で負けた後、選手、監督から３ヶ月でやりたいという声が上がってプロ野球をやった歴史もある」と話し、予定通り２５日の開幕を主張した。また延期を決めたパ・リーグに対して、「こういう時には何もやらない方が良いというなら勝手にしろ」と話した。その後セ・リーグもパ・リーグ同様４．１２日に開幕になったが渡邉は「いいんじゃないか。もう、しゃあない。（国などが）ガーガー言ってるんだから」と話した。

　２０１７．１０．２０日、渡辺篤子（わたなべ・あつこ、渡辺恒雄読売新聞グループ本社主筆の妻）が、肝硬変のため死去（享年８７歳）。子供は息子一人。睦（むつみ、三井住友信託銀行役員）。

　巨人では長嶋終身名誉監督（８２）が７月初旬に都内の病院に入院している。渡辺主筆は７月６日、３年契約最終年の今季もＶ逸が決定的になっている巨人・高橋由伸監督について「（選手を）よく見ている。ひとりひとり全部知っている。名監督だよ」と評価。「もっと強化する」と今オフの大補強をほのめかし、指揮官の来季続投へ追い風とみられていた。同１８日には不祥事続発の責任を取って辞任した老川祥一前オーナーの後任として、渡辺主筆が「後継者」と明言する同グループ本社社長の山口寿一氏（６１）が新オーナーに就任。