鎌倉時代に至って、卜部兼方が、日本書紀の注釈書として知られる「釈日本紀」の中で、邪馬台国は「倭＝ヤマト」の音をとったものとする説を唱え、幻の邪馬台国と大和朝廷の相関を探っている。

　京都五山・相国寺の禅僧・瑞渓周鵬（ずいけいしゅうほう）が、｢善隣国宝記｣（１４６６、文正元年）で、邪馬台国の位置を初めて論じる。

　こうして、折に触れて邪馬台国の研究が為されていたようであるが、上記迄の研究と以降のそれを較べれば、邪馬台国研究の初歩的な考察に留まっている感があり、本格的な学問的研究としては、江戸時代になってから開始されることとなったといえる。江戸時代に至って、頼三陽が関心を見せている。

　１６８８（元禄元）年、元禄時代の儒医にして国学者・松下見林（１６３７～１７０３年）が、「異称日本伝」の中で、後漢書倭伝全文を掲載した上で、｢今按ずるに、邪馬台国は大和国なり。古に大養徳国というは、いわゆる倭奴国なり。邪馬台は大和の和訓なり｣と述べている。「邪馬台」を「ヤマト」と読み、大和国（現、奈良県）を指すとした上で、卑弥呼を「気長足姫尊」（おきながたらしひめのみこと）と推定し、大和説の立場で考究を加えている。この｢邪馬台＝ヤマト＝大和｣観が継承されていくことになる。

　次いで、｢今按ずるに、邪馬台の『壱』はまさに『台』に作るべし｣との見解を述べている。つまり、魏志倭人伝原文は邪馬一国とあるのを邪馬台国の書き間違いとして受け取る。邪馬台国であれば大和国とも音訳語呂が合うとした訳である。この｢壱→台の誤り観｣も継承されていくことになる。

　我が国における本格的な邪馬台国研究の先駆者は、江戸中期の儒学者にして６代将軍徳川家宣（とくがわいえのぶ）を補佐した新井白石(１６５７～１７２５年)である。１７２４（享保９）年、白石が仙台藩の佐久間洞巌（１６５２～１７３６）宛てに次のような手紙を記している。

　新井白石は佐久間の立場を受け継ぎ、魏志倭人伝を信ずるに足りる歴史書と見なし論及するところとなった。倭人伝に記されている年代や官名、風俗等について精緻に考察し、白石以前の記事が倭人伝の多くの部分を伝聞であるとして省みなかったのと比べると、はるかに科学的実証的な研究を行い、邪馬台国問題を学問の研究対象とさせた。白石の功績はここにある。

　１７１６（正徳６）年（１７１７、享保２年）、「古史通或門」（こしつうわくもん）を著わし、「倭女王卑弥呼と見へしは、日女子と申せし事を彼國の音をもてしるせしなるべし」、「魏志に倭女王奉獻の事の見へしは、神功皇后の御事とみへけり」とのべており、「卑弥呼＝日女子＝神功皇后」との認識を示した。

　白石はこの時、「魏志は実録に候」と述べ、魏志倭人伝に登場する邪馬台国へ至る諸国の地名比定を試みた。対馬国を対馬、一大国を壱岐、末盧国を肥前の国松浦郡（唐津市）、伊都国を筑前の国怡土郡（前原市）、奴国を筑前の国那珂郡（いまの博多・福岡市）、不弥国を筑前の国宇美（糟屋郡宇美町）に比定し、この比定がそのまま今日の定説にもなっている等において功を為している。ちなみに同書は、投馬国を備前鞆浦に比定した上で、｢邪馬台国はすなわち今の大和国なり｣と述べており、大和説の立場からの考究であったことが伺える。又、倭人伝に記されている年代や官名、風俗等についても考察し、白石以前の記事が倭人伝の多くの部分を伝聞であるとして省みなかったのと比べると、はるかに科学的実証的な研究を行った。

　但し、白石は、晩年に至って「外国之事調書」において九州説に転じ、投馬国を肥後国玉名郡又は託麻郡、 邪馬台国を筑後国山門郡（現在の福岡県柳川市・みやま市）に比定するところとなった。結果的に、白石は大和説と九州説の両論を述べたことになり、大和説から九州説に転じているところに史的意味を持つ。最初は大和説を唱えますが、その後、『魏志倭人伝』の記述を重んじ、九州説に転じます。

　白石の「筑後国山門説」は、後世の邪馬台国研究に多大な影響を及ぼすこととなり、今日においても有力な説となっている。ここで留意すべきは、もともと松下見林が｢邪馬台→ヤマト｣を引き出すために音訳比定的に｢邪馬台＝ヤマト＝大和｣としたのを、｢ヤマト｣を一人歩きさせ、それを九州の地の｢山門｣に当てはめていることである。

　古田氏は、著書｢『邪馬台国』は無かった｣で、白石の邪馬台国研究に対して、１・後漢書中心主義、２・見林の｢邪馬壱→邪馬台｣観、３・見林の｢邪馬台をヤマトと訓ずる｣、４・このヤマトを７．８世紀以降出現した大和朝廷に充てる、５・当初｢邪馬台国近畿説、６・後年｢邪馬台国九州筑後説、７・詳細に地名比定を試み、その際｢倭音訓読による同音地名による比定｣に拠っていた。８･この方法論がその後の邪馬台国研究の土台となった、と評している。

　こうして今日の邪馬台国論争の骨子は、江戸時代に出された新井白石と本居宣長の説に、魏志倭人伝の解釈のあらゆる可能性の九割近くが出揃っていた感がある。

　１８２０（文政３）年、白石、宣長以後は邪馬台国について見るべき研究がなかったが、幕末の歴史学者・鶴峰戊信（しげのぶ、１７８８～１８５９年、豊後臼杵の神官の家に生まれた）が「襲国偽僭考」を著わした。鶴峰は「熊襲説」を主張し、邪馬台国の比定地を「大隅国曽於郡」とした。その際、魏志倭人伝に書かれている卑弥呼の墓を薩摩の国の可愛陵（えのみささぎ）としている。 　

　１８３８年、伴信友（１７７３～１８４６）)が、畿内大和説／「中外経緯伝草稿」を著わし、九州説に反論し大和説を述べた。「魏の使いが卑弥呼を姫子（ひめこ）と聞き誤ったもので、神功皇后のことである」としていた。女王国とは神后皇后の国を指しており、その都は大和辺りにあったとした。さらに、邪馬台国は大和の国の事だが、魏の使いは大和まで来ておらず、伊都国王あたりが応対しその伝聞で倭人伝が書かれているとした。

　１８４６（弘化３）年、近藤芳樹（１８０１～１８８０年、周防出身）が、九州説／「征韓起源」を著わし、熊襲が自分達の居住区を邪馬台と呼んでいたことを重視し、氏もまた「邪馬台国熊襲説」を述べた。但し、邪馬台国の比定地を「肥後菊池郡山門郷」と比定した。

　明治時代の前半は、日本古代史研究においては邪馬台国問題よりも、古代の紀年すなわち年代の研究の方に人々の関心は集まった。

　１８７８（明治１１）年、明治初年に神武紀元を修正した那珂通世（１８５１～１９０８年）が、九州説／「上世年紀元考」を著わし、次のように説いた。

　その上で九州説を採用し、邪馬台国の比定地を「大隅国曽於郡」とし、「邪馬台女王は南九州にいた熊曽の女酋である」との見解を披瀝した。

　１８８８（明治２１）年、那珂道世は、更に詳細な論文「日本上古年代考」を著したが、この紀年論争に関係して、明治２０年代は邪馬台国論争が華々しく展開された。特に卑弥呼は神功皇后であるや否やを巡って大論争が巻起こった。論争には、中村正直、久米邦武、阿部弘蔵、橘良平、津田真道、吉田東伍他数十名の学者達が参加している。 折から日本は、富国強兵の気運真っ直中である。神功皇后の征韓説は事実ではないという論文が出るとすぐさま国体を無視する ものであると反論が起き、三宅米吉が 「或一部ノ先生達ハ、年代ノ捜索ナドヲ好マレズ・・・・・・其ノ量見ノ甚狭キヲ惜シムナリ」 などと反論している。　

　１８９３（明治２６）年、吉田東吾（１８６４－１９１８年）が、九州説／著書「日韓古史談」の中で、「卑弥呼は熊襲の女酋である」として、「九州薩摩姫城説」を唱えた。吉田東伍は、菅政友の後を受け、九州説／「日韓古史断」という大作を著し微細に邪馬台国問題を研究したが、結論は、邪馬台国は熊襲の國都噌於城（今の宮崎県都城）であり、卑弥呼は其の辺りの「日の御子」が大和の倭王と偽ったものである、というものだった。

　この影響を受け、那珂通世は、「外交繹史」のなかで「噌於郡は女王の都スル所である」と強調した。これは、神武東遷後大和には皇朝が成立していたがその力はまだ九州には及んでおらず、神武天皇のふるさと高千穂の峰あたりの熊襲が魏と交流していたというものであり、古事記、日本書紀の内容を全面的に信用する立場からする解釈であった。

　１９１０（明治４３）年、有名な「内藤．白鳥論争」が巻き起こり、「邪馬台国論争」にとって記念碑的な年となった。西の京都帝国大学教授内藤虎次郎は、「卑弥呼考」（芸文．５ー７月号）において邪馬台国畿内説を唱えたのに対し、東の東京大学教授・白鳥庫吉が｢東亜の光｣（６―７月号）に「倭女王卑弥呼考」を発表し、邪馬台国九州説（｢筑後山門｣説）を主張した。

　かくて、白鳥．内藤という東西史学の両巨頭による大向こうの論戦となった。これがいわゆる邪馬台国論争の新たな展開の発端となった。ちなみに、白鳥は、帝大卒業後、学習院教授となり、ドイツ留学を終えて帰国すると、帝大教授も兼任して、皇太子に国史や東洋史を進講、学界の中心的存在となり、数々の学説を発表、昭和の終戦直後に死去するまで、その影響力は強大であった。

　これに対して、白鳥庫吉（１８６５～１９４２）は、邪馬台国の問題を東アジア史の中に位置づけ、実証主義的方法で九州説を唱えた。魏志倭人伝原文に対し「魏の使者が虚偽の報告を作るに苦心せし文献である」と見なし倭人伝の史料的価値の高さを評価した上で、里程、日数、方位、地名を検討した上で、「『魏志』には古今に比類なき短里が使われている」とする里程計算に重きを置き、帯方郡（たいほうぐん、朝鮮半島中西部）から女王国へ至る「１万２０００余里」から帯方郡、狗邪韓国、対馬、一支、末盧、伊都、奴、不弥国へ至る里程「１万７００里」を差引き、不弥国から邪馬台国へ至る残り里数は「１千３００余里」であり、魏志倭人伝で使われている１里を約１００mと計算すれば南に約１３０ｋｍになるとして九州説を採った。その際、「陸行一月」は「一日」の書き誤りであるとして、この推定を基に不弥国を太宰府付近、邪馬台国を九州北部（筑後の国山門郡あたり）に推定し、｢肥後国内にあった筈である｣（｢邪馬台を肥後の内に置く｣）と比定した。さらに狗奴国を九州南部に当たる熊襲の可能性を示唆した。強力に九州説を唱え次のように述べている。

　１９１０（明治４３）．７月、バイロンの紹介やプラトン全集の翻訳などで知られていた哲学者で翻訳家の木村鷹太郎（１８７０ー１９３１年）が、「読売新聞」紙上に「東西両大学及び修史局の考証を駁す──倭女王卑弥呼地理に就いて」を発表した。同氏は、「邪馬台国＝エジプト説」を唱え、内藤教授の「卑弥呼考」による邪馬台国＝畿内説、白鳥教授の「倭女王卑弥呼考」による邪馬台国＝北九州説の両説に真っ向から噛みついた。ここに三つ巴論争の原形が定まった。（「邪馬台国はエジプトにあった!?─木村鷹太郎の邪馬台国＝エジプト説─」参照）

　木村鷹太郎のエジプト説は奇異な感じがするが、九州、近畿の両説の欠陥を激しく揶揄するところにおいては鋭いものがあり、今日の水準においてもなお精彩を放っているといえる。こうしてみれば、邪馬台国論争とは、当初より九州説と畿内説とその他異説との三つ巴の論争として捉えることが史学的であり、九州説と畿内説との二大論争かの如くに流布することは正確とはいい難く、問題ありと云えるであろう。

　木村は、九州説、畿内説のご都合主義的「原文読み替え」に異議を唱え、次のように批判した。

　その上で、「然り、卑弥呼地理は日本を謂へるものなりと雖『極東日本』の地理を謂へるものに非ずして、他の地理を謂へるものなり」として次のように推定した。

　こうして、魏志倭人伝は、地中海から東アジアに及ぶ広大な地域を支配していた時代の日本を記録したものであり、この記録を携えて西方から移民してきた中国人が、東洋で編纂された歴史書の中に、この記録を混入させたのが魏志倭人伝だと所論した。こうして次のように比定した（「木村説に基づく航路図」）　（以上の行程を地図にしてみたので、参照されたい。）。

　なお、女王卑弥呼は神功皇后と同一人物であり、その橿日（かしひ）宮はギリシア北西岸のエピルスのカシオペアである。皇后の「征伐」した新羅とは、エトラスカン人（エトルリア人のこと）の国で、その首都はローマであった。日本書紀に出てくる新羅三王の名は、ローマのタークイヌス王家（タルクイニウス。ローマ王国（紀元前７～６世紀）の王家でエトルリア人。もちろん時代が合わない）の中の３王である。また、卑弥呼の後継者、壱与（いよ）はエジプトの伝説上の女王イオ Io である（イオはギリシア神話に出てくるニンフで、エジプトの女神イシスと同一視される）。

　木村は、かって日本人は「太古欧亜の中央部に居を占め」、「伊太利（新羅）、希臘（筑紫）、亜拉比亜（伊勢）、波斯、印度、暹羅等は吾版図たり」とも主張した。彼にとって、日本人とは、古代エジプト人にして古代ギリシア人にして、しかも古代ローマ人であり、かってアフリカ、ヨーロッパから東アジアに至る版図を支配していた優秀な民族であった。古事記や日本書紀の語る世界は全て全世界に拡大され、そこに登場する神々はことごとくギリシア神話の神々や聖書の登場人物と結びつけられた。木村は自らの歴史学を「新史学」と称し「旧史学」者たちを罵倒した。その壮絶な「新史学」の詳しい内容については、別稿「疑似歴史学事典／木村鷹太郎の「新史学」、木村鷹太郎の世界　──『海洋渡来日本史』を読む」参照のこと。

　橋本増吉は、内藤・白鳥論争が開始された同年の１９１０（明治４３）年、「邪馬台国及び卑弥呼に就いて」（史学雑誌第２１編第１０、１１、１２号。１９３２年、「東洋史上より観たる日本上古史研究」所収）を発表し、内藤説を批判した。橋本は、卑弥呼の時代を崇神朝と考え、この時期には大和王朝の支配は筑紫に及んでおらず、北九州にあったと比定される奴国や伊都国を支配していた邪馬台国は大和ではなく九州と考えるべきとして、那珂通世の｢上代紀年考｣の所説を引用しながら、邪馬台国を大和、卑弥呼を倭姫命とする内藤説を批判し、久米邦武の筑後国山門説を支持した。

　喜田貞吉は、卑弥呼は大和朝廷の傘下の九州の王であったが、魏志倭人伝の編者が卑弥呼の本拠地と大和朝廷のそれとを混同して不弥国のはるか南に邪馬台国をもってきたとする「折衷説」を唱えた。

　唯一の資料ともいえる「魏志倭人」伝の方位と里程を記載通りに追証していくと、それは九州でも畿内でもなく、はるか太平洋上に存在していたことになると述べ、邪馬台国論争が決着を見ない理由とした。事実、内田吟風の「沖縄説」．松本彦七郎の「ジャワ説」等は、そうした事情を背景に登場してきた。

　１９１０年、山田孝雄が「狗奴国考」（京華日報社）を著し、「魏使は伊都国にとどまり、伊都国以降の記述は伝聞」とする説を唱えた。方位については、南を東の誤りとし、山陰海岸沿いの日本海航路を推定し、投馬国を但馬、邪馬台国を後の大和国に比定した。邪馬台国と敵対していた狗奴国を毛野国とした。