崇神天皇の治世５年、国内に疫病〔えきびょう〕が多く起き、人民〔たみ〕が死んで尽〔つ〕きそうになった。同６年、百姓が流離し、あるいは背く者が増えた。その勢い、徳を以て治めむこと難し。これを以て神祇に請罪した。これより先、天照大神、倭大国魂の二の神を天皇の大殿の内に並び祀った。しかし其の神の勢いを畏れて、共に住みたまふに安からず。

　崇神天皇はこうして大物主神を祀ったものの霊験がなかった。更に神意を請うたところ、或る夜の夢枕に大物主神が立ち「こは、我が御心ぞ。かれ、オホタタネ子をもちて、あが前を祭らしめたまはば、神の気起らず、国も安平（やす）らかにあらむ」と告げた。更に、「この疫病の流行は私の意志による。この疫病を鎮めるには、大田田根子（オホタタネ子）という人物を探し出し、三輪山の大神神社の初代神主とし、市磯長尾市（イチシノナガオチ）に大国主を祭神とする倭の大国魂神を祀る神主と為せ。そうすれば祟〔たた〕りも起こらず天下泰平になるだろう」とお告げした。

　崇神天皇はすぐに四方八方に急使を遣わしてオホタタネ子という人物を探させ招いた。オホタタネ子の出自譚が次のように記されている。

　こうしてオホタネネ子を神主にし、御諸山（みもろやま、三輪山）に和魂（にぎたま）を鎮め、大物主を祀った。イチシノナガオチを倭の大国魂神の神主とした。同時に神々の社を定め祀った。宇陀の墨坂神には赤色の楯と矛を奉り、大阪神には黒色の楯と矛を奉り、また、坂の上の神や河の瀬の神に至るまで、もれ残すことなく幣帛（みてぐら）を献上し祀った。伊迦賀色許男（イカガシコヲの命）に告げて多くの平たい土器を作らせ、天神地祇之社（あまつかみくにつかみのやしろ）を定めて奉納させた。宇陀墨坂神（うだのすみさかのかみ）に赤色の楯と矛を祭った。大坂神（おほさかのかみ）に黒色のとを祭った。坂の尾根の神や河の瀬の神にも、ことごとくれることなく幣帛（みてぐら）を奉納した。崇神天皇が、大物主神を指して「ヤマトを造成された神」と讃えたところ疫病がすっかり鎮まり五穀豊穣し百姓賑わった。

　崇神天皇１０年、崇神天皇の御世、大和朝廷の全国征伐は続いた。大毘古（オホビコ）の命（大彦命）が高志道（コシノミチ、北陸）を平定した。その子の建沼河別（タケヌナカハワケ）の命（武渟川別）が東の方十二道（ひむかしのかたとをあまりふたみち、東海）を平定した。吉備津彦を西海に、日子坐（ヒコイマス）のミコ（丹波道主命）が丹波の国の玖賀耳之御笠（クガミミノミカサ）を退治した。

　崇神天皇十年の或る時、大彦命が、山城国にいる異母兄の建波邇安（タケハニヤス）のミコ（武埴安彦、８代目天皇の孝元天皇の皇子）が謀反の野心があることを嗅ぎつけた。武埴安彦は山背国（山城）から、その妻吾田媛（あた姫）は大坂から都を襲おうとした。崇神天皇は、倭迹迹日百襲媛の予言によって、武埴安彦らの叛意を察知し、五十狭芹彦命（吉備津彦命）の軍を大坂に送り吾田媛勢を迎え撃った。オオビコがヒコクニブクの命（彦国茸、和珥氏の祖）をつれて山城の和珂羅河（わからがわ）に向かい、武埴安彦に戦いを挑んだ。よってこの川を挑み川（泉河）と呼ぶようになったと 記紀は記している。武埴安彦の軍は彦国葺の軍に破れた。その直後、倭迹迹日百襲媛は事故によって急死している。こうして、崇神天皇の御世の天下は太平になり、国民は富み栄えた。

　その後、御子は、ヒナガ姫と契りを結ばれた。寝床でふと、姫を覗き見ると、その少女の正体はへびだった。恐れをなした御子はすぐに逃げ出した。「お待ちください！」。正体を見られたヒナガ姫は、海上を照らして船で追いかけてくる。御子はさらに必死に逃げ、なんとか大和の国に逃げ帰ることができた。

　一緒に逃げ帰ったアケタツノミコは天皇に復命した。「出雲の大神を参拝されたので、御子はしゃべれるようになりました。そこで、我々も帰ってきました」。喜んだ天皇は、すぐにウナカミノミコを出雲に戻して、神殿を造らせた。天皇は、この御子にちなんで、鳥取部（ととりべ）、鳥甘部（とりかいべ）、品遅部（ほむじべ）、大湯坐（おおゆえ）、若湯坐（わかゆえ）を定めた。

　或る時、景行天皇は、御子のオホウスの命に、美濃の国に居ると聞く評判の美女姉妹であるエヒ女、オトヒ女を連れてくるようにと頼んだ。美濃の国に赴いたオホウスの命は、二人の乙女に出会った瞬間に一目ぼれしてしまった。父に渡さず我が妻にしようとして別の娘をい連れて帰り献上した。景行天皇は、期待していたほどの美女ではなかったので失望した。告げ口により真相を知らされた景行天皇は物思いにふせ、それから結婚することもなく悩み続けた。

　それからしばらくたったある日、ヲウスの命に、朝夕の食膳に出てこない兄を出仕させるよう命じた。しかし、それから５日たってもオホウスの命は姿を現さなかった。天皇は訝り、ヲウスの命に確認したところ、「夜明けに兄が厠（かわや）に入ったとき、私は待ち受けて兄を捕まえ、その手足をもぎ取り、薦（こも）に包んで投げ捨てました」と答えた。

　景行天皇は、ヲウスの命の猛々しい性格を恐れ、そばにおいておくのは危険だと思い、朝廷に服従しないままでいる西のクマソタケル兄弟の討伐を命じた。ヲウスの命は父の命に従い、熊曾征伐で出かけた。その前に叔母であるヤマト姫命の元を訪ねた。この時、「何かの役に立つかもしれませんから、この衣装を渡しておきます」と、衣装を授かった。

　ヲウスの命が熊曾建の家の前までやってきたところ警護が厳しく、兵で三重も囲んであり、容易に近づけそうもなかった。しかし、どうやら新居を祝うための宴の準備をしている様子であった。このことを察知したヲウスの命は、叔母様の衣装を着て、髪も女性のように結いなおし女装して忍び込んだ。やがて熊曾建兄弟のそばにはべることになり、宴もたけなわになったときに懐の剣を取り出し、熊曾の衣の衿をつかみ、胸を剣で突き通した。それを見た熊曾の弟は逃げ出した。それを追っていき、熊曾弟の尻に剣を突き刺した。

　「お前は何者か」。「私は大八島国を治めている景行天皇の御子ヤマトヲグナノミコである。お前たち兄弟が朝廷に従わないので、征伐に派遣された」。「我は、国中の強力者なり。当時の誰が来ても、我が力に勝つ者はいなかった。武運では負けなかったが、こたびはしてやられてしまいました。今後はあなたに従い、ヤマトタケルの御子と称えます」。ヲウスの命は、「確かにそなたからの名は受け取った」と述べた後、よく熟した瓜を裂くように尻に刺した剣を抜き、クマソタケルを切り裂いて殺した。それから、大和に戻る際に、山の神、河の神、海峡の神をみな服従させた。

　ヤマトタケルが熊曾と出雲の征伐を復命したところ、新たに東方１２カ国の平定を命ぜられた。ひひらぎの八尋矛を授けられた。ミスキトモミミタケ日子を共に従えることになった。東国に向かう前に伊勢神宮に行き、斎宮にして叔母のヤマト姫に会った。この時、ヤマトタケルの目から涙が零れ落ちた。

　それを聞いたヤマト姫は、スサノオがヤマタノオロチを退治したときに手に入れた神宝の草薙の剣を授けた。それと火急の際にはこの袋の口をお開けなさいと御袋を貰った。

　伊勢を出発したヤマトタケルは、尾張、焼津、浦賀水道、相模、箱根、甲州、信州を廻り尾張へ戻る長征に出向くことになった。（日本書紀は、伊勢、駿河、焼津、相模、上総、陸奥、常陸、甲斐、武蔵、上野、信濃、美濃、尾張と記している）

　ヤマトタケルは尾張の国に立ち寄った際に、ミヤズ姫の家に泊まった。一目ぼれしたヤマトタケルは、ミヤズ姫と結婚をしようと思ったが、今回の東国征討が終わって帰ってきてから結婚することにし、結婚の約束だけを交わした。

　ヤマトタケルは相模の国にやってきた。国造（くにのみやっこ）が、「実は、この野の中に大きな沼がございます。そして、この沼に住んでいる神が非常に凶暴な神で困っています」と訴えた。ヤマトタケルは、国造の頼みを聞き、妻のオトタチバナ姫と共に沼に住む神を見るために野に入った。そこには恐ろしいわなが待ち受けていた。タケルが野に入ったことを確認した国造は、火をつけて焼殺を謀った。背後からすごい勢いで火が迫った。妻のオトタチバナ姫の安否を尋ねたところ、無事だった。辺り一面火の海に囲まれたヤマトタケルは、咄嗟に叔母様から貰った袋を取り出して見ると、火打石が入っていた。草薙の剣で辺りの草をなぎ払い、火打石で火をつけると向かい火となり、迫り来る火を打ち消した。こうして、無事出ることができた。騙された事に怒ったヤマトタケルは、相模の国造どもをみな斬り殺した。この地はそれ以後、焼津と呼ばれるようになった。

　或る日、ヤマトタケルの一行が走水海を渡ろうとしたとき、海峡の神が荒波をたて、船は前に進むことができなかった。「このままでは船が沈没してしまう。何とかせねば…」。海の中で己の無力を嘆くヤマトタケルに対して、オトタチバナ姫が「私が皇子の身代わりとなって海に身を沈めましょう」。「あなたは東征の任務を成し遂げて天皇にご報告してください」。オトタチバナ姫は海に身を沈める前に歌を歌った。

　オトタチバナ姫は、菅畳を八重、皮畳を八重、絹畳を八重、波の上に敷いて、船からその上に下りて海に沈んだ。すると、荒波は自然におだやかになり、船は前に進むことができるようになった。それから７日後、海岸に流れ着いた今は亡きオトタチバナ姫の櫛を手にした。涙を流すヤマトタケル。その櫛を取って、丁重に葬った。

　ヤマトタケルは、そこからさらに奥へ進み、ことごとく荒ぶる蝦夷（えみし）どもを平定し、また、山や川の荒れすさぶ神々を平定し、都に戻ろうとした。その途中に、足柄山の坂の下にたどり着き、乾飯（かれいい）を食べていたヤマトタケルの前に白い鹿が目の前に現れた。足柄山の神が白い鹿の姿で現れたことを知ったヤマトタケルが、食べ残した蒜（ひる）の片端を鹿に投げつけると、その目に当たって、鹿は撃ち殺された。そして、ヤマトタケルは、その坂の上に登って三度、嘆息した。「あぁ、わが妻よ…あぁ、我が妻よ…あぁ、我が妻よ…」。そこで、その国を名づけて吾妻（あづま）というようになった。

　それから、その国を越えて、甲斐の国に出て、酒折宮（さかおりみや）についたとき、歌を詠んだ。「新治（にひばり）　筑波を過ぎて　幾夜か寝つる」（常陸の新治や筑波の地を過ぎてから、幾夜旅寝をしたことだろうか）。すると、夜警の火をたいていた老人が、この歌に続けて、「日日（かが）並べて　夜には九夜　日には十日を」（日数を重ねて、夜は九夜、日では十日になります）と歌った。見事な受け答えをした老人に、東国造（あずまのくにのみやっこ）の称号を授けた。

　その後、信濃の国の坂の神を退治したヤマトタケルは、尾張の国に向かい、先に結婚の約束をしていたミヤズ姫のもとを訪れた。この時、ミヤズ姫は月の障りの最中で、うちかけの裾に血が滲んでいた。二人の問答歌が次のように記されている。

　返歌は、

　伊吹山神退治に向かったが、山の神を素手で退治するつもりだからと述べて草薙の剣を姫に預けた。こうして素手で伊吹山に向かった。山に登ってすぐ白いイノシシに出会った。「この白いイノシシの姿をしているのは、山の神の使者だろう。今殺さずとも、山の神を殺してからでも遅くはあるまい」。こういってさらに山を登った。この時、雹がすごい勢いで降ってきた。命からがら山から下りてきたヤマトタケルは、清水を見つけ一息つき、正気を取り戻すことができた。

　ヤマトタケルはタギノ（当芸野）のあたりにたどり着いた。「私の心は、いつも空を駆け登るような気持ちだった。しかし、今、私の足は歩くことができず、道がはかどらなくなってしまった」。こう弱音を吐いたヤマトタケルは、さらにほんの少しばかり歩いた。しかし、ひどく疲れてしまい、杖をついてそろそろ歩いた。さらに進むと、尾津崎の一本松のもとにたどりつき、食事をしていたときに、そこに忘れてきた大太刀がなくならないでそのまま残っていた。

　それから三重村にたどりついた。「私の足は三重のまがり餅のようになって、ひどく疲れてしまった」。そこからさらに歩き続けた。能煩野（のぼの）に着いた際に、故郷の大和国をしのんで歌を歌った。

　この歌を歌った後、ヤマトタケルの病気は急に悪化した。そのときに歌った歌は、

　こう歌い終わってすぐにヤマトタケルは死んでしまった。早馬の急使が朝廷にヤマトタケルの死を告げに行った。

　浜の海水に入って、難儀しながらも追っていったときに歌った歌は、

　さらに、白千鳥が飛び立って、海岸の磯にとまっているとき歌った歌は、

　さて、白鳥は伊勢国（三重県）から飛んでいって、河内国（大阪府）の志磯にとどまった。そこで、その地にも御陵をつくり、ヤマトタケルの魂を鎮座させた。そして、その御陵を名づけて白鳥御陵といった。しかし、白鳥はそこからさらに空高く天翔けて飛び去って行った。こうして、ヤマトタケルの冒険は終わった。