記紀編纂の途中、女帝鵜野讃良(百済王の子翹岐＝書紀名中大兄：天智天皇の娘)は、６９１年、日本で最も古いとされる大神神社と石上神宮の古文書をはじめ、豪族１６家の系図(墓記)を提出させ没収している。十六氏とは、春日氏・大伴氏・佐伯氏・雀部氏・阿部氏・膳部氏・穂積氏・采女氏・羽田氏・巨勢氏・石川氏・平群氏・木(紀)角氏・阿積氏・藤原氏・上毛野氏である。その上で、書紀の編纂を統括していたであろう藤原不比等は、自らの系図を都合良く創作している。後に藤原氏の書いた「鎌足伝」には、「内大臣、諱は鎌足、字は仲郎。大倭國高市郡の人なり。その先は天児屋根命より出ず。・・・美気祐卿の長子なり。母は大伴夫人と曰う」と記している。百済から来た父鎌足(本名智積)の出自を中臣氏の系図に挿入している。

　６９１（持統天皇６）年三月、天皇(鵜野讃讚良)は、新たに伊勢神宮を創祀し皇祖神として天照大神を祀り、その行幸をしようとしたとき、「ニギハヤヒの末裔の三輪朝臣高市麻呂が冠位を脱ぎ捨ててまで阻止しようとした。しかし天皇は聞き入れず遂に伊勢に幸す」とある。

　７０２（大宝２）、年二月十七日、ニギハヤヒの陵墓のある大神神社を祀っていた大神(大三輪)朝臣高市麻呂は、(７０２ )左遷されて長門守に下ったが四年後に没している。また、同年八月十六日、石上神宮を祀る石上朝臣麻呂も太宰府に左遷されている。記紀の編纂がすすんでいた頃のことであり邪魔者扱いされたと窺うべきであろう。７０８（和銅元）年正月、元明天皇が天下に大赦を出した。「山沢に亡命して禁書を隠し持っている者は百日以内に自首せよ。さもなくば恩赦しない」という詔勅を出している。念には念を入れて、古代王族や豪族の系譜を抹殺しようと図ったのであろう。

　これらにより、スサノウ、ニギハヤヒを祀っていた全国多数の神社の縁起や祭神名までも書き換えさせられている。しかし、記紀の成立以前に創建された多くの神社や地名が生きた化石として残っている。その縁起や伝承、古史古文が史実を今に伝えてくれる。

　古事記は、スサノウは大山津見神の娘神大市比売を娶り、大歳と宇迦御魂が生まれたとし、大山津見神は、伊邪那岐神(イザナギ)と伊邪那美神(イザナミ)の子神で、櫛稲田比売、神大市比売、木花知流比売の父としている。古事記の記すこの系譜は隠喩であり史実とは別であろう。

　小椋一葉氏は、大山祇(大山津見)神を祀る神社は全国に一万一千社余りあるが、その総本社は愛媛県大三島にあるとして、各地の大山祇神を祀る神社の祭神関係を調べた結果、大山祇、大山積、大山津見神の正体はスサノウだとみている。そこで、大三島の大山祇神社の由緒をみると、祭神の子孫小千命が創建したとある。そして後出の系図によれば、「小千御子は、孝霊天皇の第三皇子彦狭嶋命の第三子で、九代開化天皇の御宇、彦狭嶋命が勅奉じて三嶋大明神に仕え云云。御子(小千命)十八歳の時、土佐賊田上之毘谷ト云う者を討平らげた。・・崇神天皇三年丙戌に壽齢八十一歳で伊豫國小千郡大濱の殿舎にて薨去」としている。

　「小千・河野・井門家系圖」によると、「人皇七代孝安天皇太子。御諱大日本根子彦太瓊尊。孝靈天皇。母は天足彦國押人の娘押媛命。大和国黒田盧戸宮座、御年十六歳而皇太子ニ立、五十三歳而即位、太歳在辛未、細媛命立而為皇后。在位七十六年春二月崩御。御壽百二十八歳也。帝常信大山積神、是則三嶋大明神也。第三皇子命彦狭嶋王(記は日子寤間命)、伊豫國に下り大山積大明神を祭礼。是則伊豫之國大三嶋社也」とある。孝靈天皇の在位や崩御年齢は書紀を底本にして書いているとみえる。そして、大山積神は七代孝霊天皇の神名だと云う。孝霊天皇が大山津見神として祀られたとするのは記紀や旧事紀にみえず、真偽の程は不明である。古事記によれば孝靈天皇の諡号は「大倭根子日子賦斗邇命」とある。神社の由緒と小千系図の記述に整合性がなろをみると、どちらかが造作されているのであろう。書紀は、「一書に曰く、伊奘諾尊曰く、「吾御べき珍の子を生まんと欲う。乃ち左の手を以ちて白銅鏡を持つときに、則ち化り出づる神有り。是を大日靈尊と謂う。右の手に白銅鏡持つときに、則ち化り出づる神有り。是を月弓尊と謂う。又、首を廻して顧眄之間に、則ち化り出づる神有り。是を素戔嗚尊と謂う。即ち大日靈尊・月弓尊、並びに是、質性明麗し。故、天地に照らし臨ましむ。素戔嗚尊、是、性殘い害るを好む。故、下して根の國を治さしむ」と、大日靈尊、月弓尊、そして素戔嗚尊を姉弟にしている。その上、スサノオを暴れ神として悪ごなしにし、根の国(根の堅州国)に追いやったとしている。根の国とは死者の霊が行くと考えた地下の世界、また海上彼方の世界。底の国。黄泉。黄泉の国とも云う。つまり、死界に追放したというのである。

　「倭」は、日本人の国。もと中国での呼び方で(中略）、日本人も「倭・和」の字を自称に用いて通例は「やまと」と訓読しているが、室町時代頃には「わ」と音読して単独に日本、または日本のものを意味する語として用いるようになった。「倭」の本来の字義は「背が曲がって丈の低い小人」である。最近の中国では「倭」の字意はどうかと中国の友人に尋ねてみた。すると「隠」の意味に近いという。隠とは人目につかないでいること。人に知られないでいること。人目につかない場所。人知れず隠れしのぶこと。などで「恥ずかしがり屋」とか、「控えめ」、あるいは「引っ込み思案」といった意味が連想される。　

　和(倭)国とは、スサノウが形成した連合国家で、中国地方は周防、長門、石見、隠岐、出雲、伯耆、因幡、阿岐、吉備、針間、多遅摩、丹波からなる。紀(木)。四国は伊豫、土佐、讃岐、粟、淡道からなる。北陸は若狭、能登、越＝高志、佐渡からなる。九州地方は筑紫、豊、肥、対馬、隠岐、大隅、薩摩、日向からなる。河内以東の河内、山代、大倭(大和)、淡海、三野(美濃)、伊勢、尾張、遠江、科野、甲斐、相模、武蔵も含まれる。これが当時の日本国の連合範囲である。

　スサノウ御代の和(倭)国が、オオトシ(ニギハヤヒ)御代に日本、その後の御代に「邪馬臺国」、その後の御代に大和（「邪馬土国」）と変遷していくことになる。

　オオトシの姉とされている都麻津比賣命の墓誌が和歌山市岩橋の岩橋古墳群で解読され、「都麻津比賣命墓戊寅年七月五日御年六十四歳」とある。戊寅年はＢＣ１０３年と比定して在世年代を計算するとＢＣ１６６～ＢＣ１０３年となる。また異母兄弟の甥においあたる倭伊波礼昆古命(神武天皇＝ ＢＣ１０７～ＢＣ４５年)や五瀬尊(神武天皇の兄)の墓誌(ＢＣ１１６～ＢＣ６３年)からみて、オオトシの誕生年代が大凡類推できた。これによりオオトシの誕生年代はＢＣ１４６年頃と推定できる。

　また、旧事紀には饒速日尊が大和に東遷した時に同伴した人物に天櫛玉命と云う人物が居り鴨県主等祖としていることから、櫛御方命と天櫛玉命は同一人物とみられる。後々、鴨(加茂)一族から出た大神氏(大三輪氏)の後裔は朝臣として朝廷に仕え、代々、桜井市三輪の大神神社の斎主を継いでいることがわかった。

　ここには、保元の乱(１１５６年)に敗れて讃岐に配流され、憤死した崇徳天皇が配祀されている。

　また、オオトシを太陽神・天照御魂神として祀った新屋坐天照御魂神社が、茨木市福井二四八五番地、茨木市西河原八五九番地、箕面市宿久庄四七七番地の３ヶ所にある。これらの社はオオトシの東遷に関係して、後に祭祀されたと考えられる。社伝は次のように記している。「新屋郷福井の丘に崇神天皇七年九月、ニギハヤヒの六世孫伊香色雄命が、崇神天皇の勅命により、皇居に奉祭されていた饒速日尊の御魂の憑代と考えられる神宝、瑞の宝十種と布都主剣を、天理市石上神宮に遷座祭祀した物部氏の祖によって祀られ、さらに神功皇后が三韓遠征に際して三島県新屋川原で潔禊を行ない、帰国後、西の川上と東の川上に社を作って祭神の幸御魂と荒御魂を祀った。それが上河原と西河原の神社である」。