古事記・日本書紀に、石上神宮・石上振神宮との記述がある。神武天皇が大和朝廷を開く前にこの地を治めていた大王であったニギハヤヒ−ナガスネヒコ王朝の古代軍事氏族である物部氏が祭祀し、ヤマト政権の武器庫としての役割も果たしてきたと考えられている。

　古くは斎宮が居たという。その中で、本当に斎宮であったかどうか議論が多いが、布都姫という名が知られている。 また、神宮号を記録上では伊勢神宮と同じく一番古く称しており、伊勢神宮の古名とされる「磯宮（いそのみや）」と「いそのかみ」とに何らかの関係があるのか興味深い。

　武甕槌・経津主二神による葦原中国平定の際に使われた剣とされている布都御魂剣が奉納されている。この剣は、神武東征で熊野において神武天皇が危機に陥った時に、天津神から高倉下の手を通して天皇の元に渡った。その後、物部氏によって宮中で祀られていたが、崇神天皇7年、勅命により物部氏の伊香色雄命が現在地に遷し、「石上大神」として祀った。

　この石上神宮で、毎年１１月２２日に鎮魂祭が催される。この鎮魂祭の神事は、「一二三四五六七八九十」（ひふみよ　いむなや　こと）、「ふるへ　ふるへ　ゆらゆらとふるへ」と、現在の日本語の数の読み方である、「ひとつ、ふたつ、みっつ、よっつ、いつつ、むっつ、ななつ、やっつ、ここのつ、と」の語源になっている呪文を唱えつつ、「布留部　布留部　由良由良都布留部」と石上神宮の保存している国宝の「十種の神宝」を持って、呪文を唱え、生命の長寿を祈る。（｢第二十九章 石上神宮の不思議な呪文｣参照）