現在は黒は黒色の石を用い、那智黒石（三重県熊野市で産する黒色頁岩または粘板岩）が名品とされる。白はハマグリの貝殻を型抜きして磨いたものである。碁石の材料となるハマグリの代表的な産地は古くは鹿島海岸や志摩の答志島、淡路島、鎌倉海岸、三河なども碁石を産した。鹿島のハマグリは殻が薄く、明治期の落語の速記本に「せんべいの生みたく反っくりけえった石」と描写されるように、古い碁石は５mm以下の薄いものが多い。その後、文久年間に宮崎県日向市付近の日向灘沿岸で貝が採取されるようになり、明治中期には他の産地の衰退とともに市場を独占し上物として珍重された。現在では取り尽くされてほとんど枯渇してしまっている。現在一般に出回っているものはメキシコ産である。黒石に対してハマグリ製の白石は非常に値が張る。高級品は貝殻の層（縞のように見える）が目立たず、時間がたっても層がはがれたり変色したりしない。

　ハマグリの碁石は庶民が気軽に買えるものではなく、明治期には陶器や竹製の安物の碁石が存在した。大正時代にガラスの碁石が試作されたが、当初は硬化ガラスではなく普通のガラスだったので極めて割れやすいものだった。その後プラスチックや硬質ガラス製の製品が出回った。安価な用具の大量生産が囲碁の普及に果たした役割は大きいと言える。近年では持ち運び用のマグネット製のものもある。メノウ製の高級品もある。