もっとも、吉本の思想に対して、同世代からも疑問をはさむ声も少なくなかった。小熊英二「<民主>と<愛国>」によれば、竹内好は、吉本の論じ方は「非常に文学的とか、あるいは詩的発想」だと述べ、鶴見俊輔は、すべてを「全否定」して純粋さを追求する姿勢に「非常に宗教性を感じる」と指摘し、吉本の「擬制」批判は概要「『すべてのニセモノを倒せ』というスローガンに読み替えられて、学生の純粋好みを結びついた」と評している。

　また、その独特の用語を使用した晦渋な文章は、１９６０年代後半に学生だった吉田和明によると、「私たちのような並の学生には、とうてい読んでも理解しうるようなナンパな本でもなかった。そして事実解らなかった」と回想されている。やはり当時の大学生だった社会学者の桜井哲夫も、共同幻想論について、「わからないのに無理に飛ばし読みをして、理解できるわずかな部分からのみ、この本を理解しているにすぎなかった」と述べている。それにもかかわらず、吉田によれば、当時の大学では、吉本の著作を「胸にだいじそうにかかえて歩く女子学生、男子学生の姿が流行していた」。吉田はその理由として、学生たちは内容が理解できなくとも、そこにこめられたメタ・メッセージを、「詩でもよむかのように」「心の奥底で感じてしまっていた」からだと述べている。人類学者である山口昌男は、共同幻想論発表当時、同書中の重要概念「対幻想」について、「それは近代の核家族にのみ通用するものではないか」と批判したが、吉本は「チンピラ人類学者」として罵倒を返したのみであった。

　１９６２年、安保闘争への総括文書である「擬制の終焉」を発表した。「革共全国委が共同をブランキズムとし、市民主義の運動をプチブル運動として、頭のなかに馬糞のようにつめこんだマルクス・エンゲルス・レーニンの言葉の切れつばしを手前味噌にならべたてて、原則的に否定するとき、彼らは資本主義が安定した基盤をもち、労働者階級がたちあがる客観的基盤のない時期　―　いいかえれば前期段階における政治闘争の必然的な過程を理解していないのだ。プチブル急進主義と民主主義しか運動を主導できない段階が、ある意味では必然的過程として存在することを理解できないとき、その原則マルクス主義は、『マルクス主義』主義に転化し、まさに今日、日共がたどっている動脈硬化症状にまで落ちこまざるをえないのである」。

　１９６３年、「丸山真男論」増補改稿版 （一橋新聞部）、「吉本隆明詩集」（吉本隆明編、思潮社）。

　１９６４年、「模写と鏡」（春秋社,）。

　１９６５年、「言語にとって美とはなにか」（勁草書房）を刊行。同年には大江健三郎と江藤淳による「完全責任編集」と銘打った当時の新鋭を各巻に配したアンソロジー「われらの文学」という総題の文学全集全２２巻が講談社から発行され、その最終巻は「江藤淳・吉本隆明」であった。

　１９６５年、「現代詩論大系２ 1955-1959上」（思潮社）を編著。編著者は谷川雁、鮎川信夫、吉本隆明、武井昭夫、清岡卓行、鮎川信夫、鶴見俊輔、黒田三郎、中村稔、乾武俊、寺田透、大岡信、関根弘、唐木順三。

　１９６６年、「高村光太郎」（春秋社）刊行。

　１９６８年、「共同幻想論」（河出書房新社,）、「情況への発言」（徳間書店）、「模写と鏡　増補版」 （春秋社,）刊行。「吉本隆明詩集　現代詩文庫８」（を思潮社）を刊行。１０月、初めての著作集を全集的著作集の形で刊行することになり、「吉本隆明全著作集2初期詩篇1」（勁草書房）を第１回配本として刊行。著作集は１９７８年まで継続して刊行された。１２月、「共同幻想論」（河出書房新社）より刊行した。

　この時代、吉本の論文は大手出版社から普及版として刊行されるほどよく売れ、大衆的な影響力を持つ存在とみなされるようになっていた。吉本の文章は全共闘世代に幅広く読まれた。組織に属さず「大衆の原像」にこだわると同時にそれを阻害するあらゆる権威を批判した「気風（きっぷ）の良さ」が広範に支持を受けた大きな要因と考えられる。いわゆる「ホンネ・ヨゴレシゴト」の保守派と「平和と民主主義」を語るいわゆる「タテマエ・キレイゴト」の戦後民主主義の進歩派がメディアの大枠の議論を二分する状況の中にあって、どちらにも属さず、どちらをも批判する姿勢が共感を呼んだとも考えられる。マルクス主義、スターリン主義の教条主義は否定するがマルクスその人の功績は支持するとする姿勢が受け入れられた。

　原書を読めない為に翻訳書に頼っている吉本に対して、翻訳による誤解や思い込みをアカデミズムの学識者から批判された際、「誤読しか与えないとしたら、まず外国文学者の翻訳の拙さ等を自省すべき」、「現在の欧米のめぼしい文学者や哲学者の本が、全部日本語に翻訳されてわれわれの前におかれたら、（外国文学者の存在価値は）ほとんど無に帰してしまう」、「しんどい難しい手仕事」を怠る中での『キザな語学自慢』の方が問題だ」と反論する歯切れのよさも受けた。

　中野孝次らが発起人となって５００人以上の文学者の賛同署名を集め、２千万人の署名運動に進展し、翌年には３５万人が集会に参加した文学者の反核声明を批判した。「結局アメリカを『戦争挑発の資本主義国』、ソ連を』平和勢力』とすることにしかならない」と反「反核声明」を意思表示した。批判に対して、概要「別に核戦争に賛成しているわけではない、反反核声明に反対しているだけである。それを行っただけで自分がすぐに原爆賛成派、戦争肯定派にしたてあげられていく状況は、誰からも非難や批判を受けなくてすむ正義を振りかざすものがまかり通る社会ファシズムであり戦前の日本文学報国会の裏返しだ」と応答した。

　このころから著書も、思想家としては異例なほど多数のものを執筆、刊行するようになる。元々、大学等に属さず在野の人であった吉本は、売文家としての意識が強い人であったが、だとしても異常な量である。

　１９８０年代に入ると当時の豊かな消費社会の発生と連動し、テレビや漫画・アニメなどを論じた『マス・イメージ論』や、主に都市論の『ハイ・イメージ論I〜III』を発表。サブカルチャーを評価し、忌野清志郎・坂本龍一・ビートたけしらを評価した。また、『共同幻想論』、『言語にとって美とは何か』、『心的現象論序説』など、代表著作が角川文庫から刊行された。「８０年代消費社会」のシンボルとなったコピーライター糸井重里とは対談等も行って親しくなり、現在まで交流が続いている。（糸井は、2008年7月19日に2千人の聴衆を集めた吉本の講演会の協力者となっている）。また、ザ・スターリンというパンクバンドのボーカルであった遠藤ミチロウは吉本隆明に強い影響を受けている。

　このように1980年代当時の消費社会・サブカルチャーの興隆に棹差した流れの中で１９８４年、女性誌『an・an』誌上に川久保玲のコム・デ・ギャルソンを着て登場。埴谷雄高から「資本主義のぼったくり商品を着ている」と批判を受けるなど、吉本の「転向」が取り沙汰される。吉本は「『進歩』や『左翼』だと思っていたものが、半世紀以上経ってみたら、表看板であるプロレタリアートの解放戦争で、資本主義国におくれをとってしまったことが明瞭になってしまった。この事実を踏まえなければ何もはじまらないというのが『現在』の課題の根底にある」「こういう『現在』の課題を踏まえることは、資本制自体を肯定することとも、資本主義には何も肯定的問題はないということとも全く違う」と応答している。なお同時期、吉本は埴谷雄高の「スターリン主義的左翼文化理念」と異なるだけで、自らを「左翼」であるとしている。

　１９８６年、チェルノブイリ原発事故から盛り上がった反原発運動も批判、概要「反核が反原発に、そしてエコロジーに収斂するのは、ぞおっとするほど蒙昧だ」とした。（#関わった論争なども参照）。「原発促進派ではありえないが、反原発には反対」とし、概要「文明史の到達点としての原発を否定する左翼、進歩反動たちは、文明史にたいする反動的理念であり、原子力発電所の安全性・地域経済利害・科学技術・文明史の具体的問題を反核・反原発・エコロジーなどと一緒くたにして、原始的自然に退行して一点に凝縮させると、とんでもない蒙昧が生み出される」、「みんな絶対的に正しいことをのどから手が出るほど欲しがっている」、「現在が不安で、自分たちが築いた文明を背負うのに疲れている」とした。

　１９８８年、忌野清志郎が反原発ソングを歌い、メジャーレコードから発売中止になった件に関して、「サブカルチャーの領域では、清志朗を反原発などというハレンチをロックにして歌ったりしない、しなやかで鋭い最後のアーティストと思っていた」が「買い被りかな?」とした。

　盟友だった作家で評論家の埴谷雄高などとの１９８０年代の論争では激烈な言葉の応酬が続いた。