１５４９（天文１８）．４月、父・順昭が４、５人の家来を連れて比叡山に隠れた。病苦の上の出奔であった。１５５１（天文２０）．６．２０日、南都林小路の外館（円証寺）で死去した。享年２７歳。順慶がわずか２歳で家督を継ぐ。順慶が幼少の間、叔父、順政、一族の福住宗職、それに生母が後見役となって筒井一党の力を守った。当時の大和は松永久秀が隆盛していく時代であり、筒井家と協力関係にあった十市遠勝が久秀の軍門に下るなど厳しい情勢にあった。叔父の筒井順政が後見人として補佐を努めた。

　１５５９（永禄２）年、８月、松永久秀が信貴山城を築き、その翌年、筒井党の所領を奪った。筒井一党は国外に亡命を余儀なくされた。この年、松永久秀は多聞山城を築き大和席巻に乗り出した。１５６４（永禄７）年、順慶の後見人・順政が死去する。後ろ盾をなくした順慶の基盤が揺らいでいるところに久秀が迅速な奇襲を仕掛け、順慶は居城・筒井城を追われた（筒井城の戦い）。この時、箸尾高春、高田当次郎といった家臣達が順慶を見限り出奔している。居城を追われた順慶は一族の布施左京進のいる布施城に逃れ、しばらく雌伏の時を過ごした。一部の史料は河内へ逃れたと伝えている。後に順慶は布施氏の下で力を蓄え、離反した高田氏の居城である高田城を攻撃している。

　１５６６（永禄９）年、順慶が三好三人衆と結託し筒井城の奪還を企図し松永軍に対する反撃を敢行する。４．１１日から２１日にかけて両軍の間で小競り合いが行われ、美濃庄城を孤立させて降伏させている。順慶と三人衆は勢いに乗り筒井城へ肉薄する。対して久秀は大和を抜け河内に赴いて同盟関係であった畠山氏、遊佐氏と合流、堺で三好義継と久秀が激突する。順慶はこの間隙を突いて筒井城の奪還を画策、筒井城周囲に設置された松永の陣所を焼き払うなどした。久秀は能登屋の斡旋により和睦を結ぶ。周囲の陣を焼き払い、外堀を埋めた順慶は本格的に城の奪還に着手、６．８日、ついに城の奪還を果たした。進んで南都に陣を張った。筒井城を奪還した順慶は春日大社に参詣し興福寺一乗院に属する衆徒の一員となる。この時１８歳、宗慶大僧都を戒師として僧籍に入り藤政から陽舜房順慶と改名した。正式に順慶を名乗るのはこの時からである。

　１５６７（永禄１０）年、多聞山城に拠る松永勢が、東大寺・興福寺に布陣する順慶、三好三人衆連合軍と対峙し、久秀軍が東大寺を焼き討ちした。１０．１０日、大仏の首が焼け落ちている。