１５６１（永禄４）．１．２８日、従四位下に昇叙される。２．１日、義輝から桐紋と塗輿の使用を許されている。これは長慶父子と同等の待遇であり、既にこの頃には幕府から主君・長慶と拮抗する程の勢力を有する存在として見られていた事がわかる。２．４日、それまで称していた藤原氏から源氏を称するようになる。同年１１月、義興と共に六角義賢と京都付近で戦う（将軍地蔵山の戦い）。

　１５６２（永禄５）年、三好軍を結集させ河内へ出陣。５月、義賢と結んだ河内の畠山高政を打ち破り（久米田の戦い、教興寺の戦い）、紀伊へ追放する。６月、義賢と和睦。９月、長慶に逆らった幕府政所執事の伊勢貞孝、貞良父子を討伐するなど功績を挙げる。同年、大和と山城の国境付近に多聞山城を築城・移住する。大和国人十市遠勝を降伏させる。

　１５６３（永禄６）．１２．１４日、家督を嫡男久通に譲る（厳助往年記）。但し隠居したというわけではなく、以後も前線で活躍する。

　久秀が勢力を増加させていく一方で、主君長慶は弟の十河一存、実休（義賢）、嫡男義興の相次ぐ死去などの不幸が重なり、覇気を失くしていった。十河一存や義興については久秀による暗殺説もあるが、一存の死因は落馬、義興は病死とされている。

　１５６４（永禄７）．５．９日、長慶の弟である安宅冬康が死去する。これにより三好家では久秀に並ぶ実力者は阿波で国主を補佐していた篠原長房のみとなる。この頃、久秀は主家を凌駕する実力を持つに至った。７．４日、長慶が死没する。しばらくは三好三人衆（三好長逸・三好政康・岩成友通）らと共に長慶の甥三好義継を担いで三好家を支えた。

　１５６５（永禄８）年．５．１９日、三好・松永の排除を狙う足利義輝を三好長逸（ながやす）、三好政康、岩成友通の三好三人衆と共に攻め滅ぼした（永禄の変）。「キリシタン宣教師を追放する」とあるが、事件との関連性が分からない。

　同年８．２日、弟長頼が丹波で敗死して三好家は丹波を喪失する。久秀が畿内の主導権をめぐり三人衆と対立するようになる。１１．１６日、義継を担いだ三人衆が久秀と断交、両者は三好家中を二分して争い、これが内乱の幕開けとなった。

　１５６６（永禄９）年、三好康長や安宅信康ら一門衆も三人衆側に加担し、三人衆が新たに担いだ１４代将軍足利義栄からも討伐令を出されるなど、三好家中で孤立する。２月、畠山高政・安見宗房と同盟を結び、根来衆とも連携して義継の居城高屋城を攻撃するなど何とか勢力の挽回を図ろうとするも、三人衆は和泉堺へ襲撃する。２．１７日、三人衆と同盟者の大和国人筒井順慶と堺近郊の上芝で戦い（上芝の戦い）。両者の挟撃を受け松永・畠山軍は敗退する。一旦多聞山城に退却して５月に再度出陣。かつての領国摂津で味方を募り堺で畠山軍と合流したが、高屋城から出撃した三人衆に堺も包囲されたため５．３０日に逃亡し、数ヶ月行方不明となった。高政は三人衆と和睦、摂津・山城の松永方の諸城は篠原長房・池田勝正などの援軍を加えた三人衆に次々に落とされ、留守中の多聞山城は久通が守っていたが、筒井順慶が大和を荒らし回るなど劣勢に立たされた。

　１５６７（永禄１０）．２．１６日、三人衆のもとから義継が久秀を頼って出奔してきたため、これを契機に勢力を盛り返し、４．７日に堺から信貴山城に復帰する。

　４．１８日、対立し始めていた三好三人衆が大和へ出陣する。１０．１０日、長い対陣の末に三人衆の陣である東大寺の奇襲に成功し、大仏殿もろとも焼き払い、久秀は畿内の主導権を得た（東大寺大仏殿の戦い）。この時久秀が大仏殿に火を放ったとも言われるが、ルイス・フロイスの「日本史」によれば、この出火は三好方のキリシタンの放火によるものであると記述されている。しかし、この時点で久秀に味方したのは畠山高政や根来衆、箸尾高春ら一部の勢力だけで、畿内と四国に強い地盤を持つ三人衆とは大きな勢力の開きがあり、終始三人衆との戦いは劣勢であった。

　１５６８（永禄１１）年、三人衆は軍を大和に駐屯させたまま久秀の監視体制を継続した。６．２９日、信貴山城が三人衆に落とされるまでになった（信貴山城の戦い）。多聞山城に籠城していた久秀が打開策として考えていたのが織田信長の上洛で、永禄９年の段階で既に信長と交信していて、信長も大和国人衆に久秀の助力を伝えている。この年、久秀は当時、名器として評判が高かった「九十九髪茄子（つくもなすび）」という茶入れを信長に献上、人質も出し、臣従している。

　１５６９（永禄１２）年、９月、織田信長が足利義昭（義輝の弟）を擁立して上洛してくると義継・久通と共にいちはやく降伏し、人質と名茶器といわれる「九十九髪茄子」を差し出して恭順の意を示し信長に降伏して家臣となる。久秀が兄の仇である義昭の反対はあったものの、久秀の利用価値を認めた信長が義昭を説得し、幕府の直臣（名目上は信長の家臣ではなく、義昭の家臣）となり、大和一国を「切り取り次第」とされた。三人衆は信長に抵抗して9月に畿内から駆逐され、義栄も上洛出来ず急死したため義昭が１５代将軍となり、畿内は信長に平定された。

　１０月、この頃、大和の有力国人はほとんどが筒井順慶に属していたが、信長が家臣の佐久間信盛、細川藤孝、和田惟政ら２万の軍勢を久秀の援軍として大和に送ると、この軍勢と協力して次第に大和の平定を進めていく。一段落した１２．２４日、岐阜へ赴き、さらに「不動国行の刀」以下の諸名物を献上する。

　１５６９（永禄１２）年、大和平定を継続する。対する順慶は没落を余儀なくされていた。

　１５７０（元亀元）年４月、信長の朝倉義景討伐（越前攻め）に従軍し、信長がお市の方の妹婿にして北近江・小谷城主の浅井長政の謀反で撤退を余儀なくされると、近江朽木谷領主・朽木元綱を説得して味方にし、無事、朽木（くつき）越えで京都に戻り、信長の窮地を救っている（金ヶ崎の戦い）。 　
　この後、しばらくの間、久秀は信長の一部将として主に畿内の戦いに奔走するのですが、甲斐の武田信玄が上洛の動きをみせると信玄に期待を寄せ、信長から離れ始めている。

　同年１１月から１２月にかけて信長と三人衆の和睦交渉に当たり、久秀の娘を信長の養女とした上で人質に差し出して和睦をまとめている。以後も信長の家臣として石山本願寺攻めに参加するが、次第に信長包囲網が形成されてゆくにつれて義昭に通じたと見られる。

　１５７１（元亀２）年時点で甲斐の武田信玄から書状が送られており、この時点で既に信長に対する不穏な動きが見て取れる。

　１５７２（元亀３）年、ついに久秀は信長に対する叛意を明らかにし、義継・三人衆らと組んで信長に謀反を起こした。

　１５７３（元亀４、天正に改元）．４月、包囲網の有力な一角である信玄が西上作戦中に病死する。「信玄上洛間近」の報で強気になり、信長と戦う覚悟を固めた足利義昭は槙島（まきのしま）城に籠城する。久秀は義昭に従軍する。

　７月、義昭が信長に敗れ追放される（槇島城の戦い）。１１月、義継も信長の部将佐久間信盛に攻められ敗死する（若江城の戦い）。１２月末、余勢を駆った織田軍に多聞山城を包囲され、多聞山城を信長に差し出し降伏した。三人衆も信長に敗れ壊滅し包囲網は瓦解した。信長は、一度敵対した者を赦（ゆる）すということはほとんどなかったが、「久秀はまだ使える」と思ってか赦している。

　１５７４（天正２）．１月、岐阜に来て信長に謁見する。この頃、筒井順慶も信長に服属している。以後、久秀は対石山本願寺戦（石山合戦）の指揮官である信盛の与力とされたが目立った動きはない。

　１５７７（天正５）年８月、上杉謙信、毛利輝元、石山本願寺などの反信長勢力と呼応して、本願寺攻めから勝手に離脱。信長の命令に背き、大和信貴山城に立て籠もり再び対決姿勢を明確に表した。うるう７月、上杉軍が能登に侵攻、信長方の七尾城を攻め、その後、９月には手取川（てどりがわ）の戦いで、柴田勝家ら率いる織田軍が上杉軍に敗れている。

　信長は家臣の松井友閑（ゆうかん）を派遣し、理由を問い質そうとしたが、使者には会おうともしなかったという（信長公記）。信長は、嫡男・織田信忠を総大将、筒井勢を主力とした大軍を送り込み、１０月、信貴山城を包囲させ、所有していた名器・平蜘蛛（ひらぐも）茶釜を差し出せば助命すると命ずるが久秀はこれを拒絶、信長のもとに差し出していた２人の孫は京都六条河原で処刑された。

　１０．１０日（１１．１９日） 、織田軍の総攻撃が始まると平蜘蛛を天守で叩き割り（一説には茶釜に爆薬を仕込んでの自爆）爆死した。享年68歳。奇しくも10年前に東大寺大仏殿が焼き払われた日と同月同日であった。戒名は妙久寺殿祐雪大居士。墓所は、京都市下京区の妙恵会総墓地、奈良県北葛城郡王寺町本町の片岡山達磨寺、奈良県生駒郡三郷町に供養塔。

　武将としての力量は当時高く評価され、宿敵・筒井氏の家老であった島清興が関ヶ原の戦いの際に、「今時の諸侯は明智光秀や松永久秀のような果断にかけている」とぼやいたといわれる。