檜原神社は、本社と同じく本殿（神殿、拝殿）がなく、三ツ鳥居を通して御神体である三輪山の「神籬（ひもろぎ）・磐座」を拝む古代祭祀がそのまま残っている。祭神は天照大御神。配祀は伊弉諾尊 、伊弉册尊。摂社は豊鍬入姫命神社。江戸末期より荒れていた社頭を、昭和40年神宮の協力を得て三ツ鳥居を建造し、瑞垣を設け古儀に復したのが現状の姿である。檜原神社から三輪山山頂の間に８群の磐座が連なっており、檜原磐座線と呼ばれる。これは大神神社にもあり拝殿奥磐座線と呼ばれ、拝殿奥から山頂の間に６群の磐座がある。山ノ神祭祀遺跡の遺物の変化と沖ノ島の磐座祭祀の変遷から、６世紀中頃に檜原磐座線から拝殿奥磐座線へと祭祀の中心が移動したと推定できる。それは、伊勢遷宮を契機とした大神神社創生の時期に一致する。 万葉歌人の柿本人麿の「古（いにしえ）に　ありけむ人も　吾がことか　三輪（みわ）の 檜原（ひばら）に　 挿頭（かざし）折りけむ」の歌が遺されている。葉歌碑「神山(みわやま)の山邊真蘇木綿(やまべまそゆふ）みじか木綿（ゆふ）　　かくのみ故に　長くと思ひき」（作者/高市皇子）。

　萬葉集には「三輪の桧原」とうたわれ山の辺の道の歌枕となり、西に続く桧原台地は大和国中を一望できる景勝の地であり、東にご神体の三輪山、西には二上山や大和三山(畝傍山・耳成山・天の香久山)や卑弥呼の墓とされる箸墓古墳など素晴らしい景観の「大和は国のまほろば」を味わい楽しめる。麓の茅原・芝には「笠縫」の古称が残っている。また「茅原（ちはら）」は、日本書紀崇神天皇七年条の「神浅茅原」（かむあさぢはら）の地とされている。更に西方の箸中には、豊鍬入姫命の御陵と伝える「ホケノ山古墳」（内行花文鏡出土・社蔵）がある。

　左側から金比羅大権現、愛宕、白山祠、庚申が祀られている。この祗園社で春祭の中心行事である田植祭が行われたとの見解がある。子供が神事に矢を射るのは、柳田国男氏の説によれば「その年の豊作を占うため」である。また、「はぜう社」は、端山（麓山神）のことで、麓上（はじょ）さんはその俗称とある。

　その後、大御輪寺、浄願寺と共に三輪明神(現・大神神社)の神宮寺で、曹洞宗の寺院。「大神神社史」は、「平等寺境内の開山堂に慶円の像を安置していた」ことを根拠に寺伝を否定し、僧/慶円上人(三輪上人)を開山者としている。「大三輪町史」は空海説にも触れているが、史料上はっきりとした記述は古代にはあらわれない。慶円は鎌倉時代初期の僧で、大神神社の傍らに真言灌頂の道場「三輪別所」を開き、平等寺と改称してから大伽藍を建立したと伝えられる。境内には吉野朝時代の僧/善教が大和の国の熱病平癒のために彫られたという「熱取り地蔵」等がある。関ヶ原の戦いに破れた島津義弘が、一時この寺でかくまわれていたという。江戸時代には、真言宗の寺院ではあるが修験道も伝えていた。平等寺は明治の廃仏毀釈によって一旦廃絶するが、明治２３年になって翠松寺（すいしょうじ）が河内から移され、旧平等寺の山門付近に再建された。その後、昭和５２年３月に元の「（三輪山）平等寺」という名前に戻った。

　古絵図を見ると、廃平等寺鎮守である春日社の背後に「星降（ほしふり）」と記された巨岩があり、当時ここが神霊の宿るところとして意識されていたことがわかる。現在の平等寺は廃平等寺（三輪別所）よりも山裾にあるが、修験道の霊地でもあり寺の創立以前に磐座があったとしても不思議はない。磐座の正面からは「星降」を拝む形となっており、辺津磐座としては納得のゆくものである。

　ちなみに纏向川下流の芝の国津神社（九日神社）には、素盞鳴尊の剣を物実としてうまれた奥津島比売、市杵島比売、多岐津比売の三女神を祭祠している。この箸中と芝で、神の山三輪山を水源とする纏向川をはさみ、二神の誓約によって成り出た神をそれぞれ祭神としていることに、古代神話伝承の原景を見る思いがする。また、天照大神の祭祀に奉じた豊鍬入姫命は崇神天皇の皇女で、その墓所が国津神社裏のホケノ山古墳であるという伝承が地元に伝わっている。（ホケノ山古墳は国津神社から徒歩で往復4分）

　九日社には、リンガ（陽石）とヨナ（陰石）の磐座（文献２）が東西に並んで鎮座している。奈良県の飛鳥坐神社には、これに似た夥しい数の陰陽石がある。九日社は、北に箸墓古墳、東に三輪山、西に二上山を眺めることができる特別な地であるため、この神社の古代史における重要性が指摘されている。