１６５６（明暦２）年、武士道について体系化した兵学書「武教小学」、「武教要録」、「武教全書」などを著し独自の兵法思想を元に山鹿流兵学を完成する。この前後から朱子学に疑問を抱き老荘に近づく。

　「武教小学」では、次のように武士の道徳を厳しく説いている。

　１６６３（寛文３）年、門人などに素行語録集「山鹿語類」を編集させ、刊行される。

　１６６５(寛文５)年、４３歳の時、１０月、江戸で「聖教要録」（せいきょうようろく）を出版。「山鹿語類」巻３３から巻４３までの「聖学篇」を抜粋要約したものである。武士道とは何かを説き明かした。本書で、当時の官学である朱子学の「儒教古典の朱子学的解釈」を批判し、「周公孔子の書」に直接依拠し「原典に帰れ！」と述べ、原典復古主義と実践主義とを唱導した。「今日日用事物の上」に立つ学問を求めて古学の要を説き、「聖人」「道」「理」「徳」「誠」「天地」「性」「心」「道原」など28の重要語句に対して、簡にして要を得た説明をしている。これにより伊藤仁斎と並ぶ古学派の祖と称されることになる。本書刊行により、本書は幕府から「不届成（ふとどきなる）書物」とされ、素行は播磨赤穂に配流された。

　（「聖教要録（せいきょうようろく）―山鹿素行の儒教理論書―」参照）

　聖教要録小序

　聖教要録上

　聖教要録中

中

中は倚（かたよ）らずして節に中（あた）るの名なり。知者は過ぎ愚者は及ばざるは、中庸の能（よ）く行はれざればなり。中庸を能くすれば、則ち喜怒哀楽、及び家国天下の用、皆な節に中るべし。中は天下の大本なり。

道

道は日用共に由（よ）り当（まさ）に行ふべき所にして、条理有るの名なり。天能（よ）く運（めぐ）り、地能く載（の）せ、人物能く云為（うんぬん）す。各々その道有りて違（たが）うべからず。

理

条理ある。これを理と云う。事物の間、必ず条理あり。条理紊（みだ）るれば、則ち先後（せんご）本末正しからず。性及び天皆理と訓ずるは最も差謬なり。

徳

徳は得なり。知至りて内に得（う）る所有るなり。之（これ）を心に得（え）、之を身に行ふを、徳行と謂（い）ふ。

　聖教要録下

性

理気妙合（みょうごう）して、生生無息の底（てい）ありて、能く感通知識する者は性なり。人物の生生、天命ならざるなし。故に曰く、天の命ずるを之（こ）れ性と謂う、と。

道原

道の大原（たいげん）は、天地に出づ。これを知りこれを能よくする者は、聖人なり。聖人の道は、天地の如く、為すことなきなり。乾坤（けんこん）は簡易なり。上古の聖人、天地を以て配（はい）と為す。董氏（とうし）の所謂（いわゆる）太原は、その語意尤（もっと）も軽し。

「その言行己れより賢(まさ)れる者は,以て師とすべし」。 　「道は実践があってのものである。日常の中でそれによって行えなければ、道ではない」（６６Ｐ）。 　「仁が義によって実行でき、義は仁によって成り立つ」（７３Ｐ）。 　「そうせざるをえないのを誠と言う」（７８Ｐ）。 　「見ることはよくわかり、聞くことははっきりして、どのようなことが起こっても、それぞれに対する考え方が確固としているから、遭遇する事態を前にくじけることはないのである。これが大丈夫の意地である」（２０２Ｐ）。

　この素行思想が後に攘夷、国粋理論となって大きな影響を与えていくことになった。「国学思想」の本元である本居宣長の「玉くしげ・１７８７年」や「うひ山ふみ・１７９８年」より百年以前である。

　１６７３（延宝元）年、「武家事紀」を著す。歴史書・武家故実書で全５８巻（前集３巻、後集２巻、続集３８巻、別集１５巻）によって構成されている。武家の歴史を描くことに主力を置いているが、そのために必要な語句などの詳細な解説が付されており、読者である武家の参考にするための事典としての機能も有していた。また、古案（古文書）からの引用も多くなされている点も当時としては画期的であった。前集３巻は皇統要略、武統要略。後集２巻は武朝年譜、君臣正統。続集３８巻は譜伝・家臣・御家人・諸家・諸家陪臣・戦略・古案・法令・式目・地理・駅路・地理国図。別集１５巻は将礼・武本・武家式・年中行事・国郡制・職掌・臣礼・古実・官営・故実・武芸・雑芸故実。