幼少時代の素行について、「配所残筆」は次のように記している。

　１６２７（寛永４）年、蒲生忠郷の江戸藩邸急死により蒲生家の会津６０万石は没収、改易される。会津には伊予松山から加藤嘉明（よしあき）が新たな藩主となって入り、町野幸和は主を失い浪人となる。

　１６２８（寛永５）年、６歳の時、蒲生家の騒動で失脚した町野幸和に従う父と共に江戸に出る。江戸神田佐久間町に移住する。父は町医を開業する。同年より漢籍を学ぶ。

　１６３０（寛永７）年、９歳の時、旧亀山藩時代の知人・塚田杢助（老中・稲葉丹後守正勝の家来）の斡旋を経て大学頭を務めていた林羅山の門下に入り朱子学を学ぶ。林羅山は、１６０５（慶長１０）年、僅か２２歳の時、徳川家康の相談役となり、２代目将軍秀忠、３代目家光に学問を教えたこともある等、徳川幕府御用達の儒学者、政治顧問であった。「配所残筆」は次のように記している。

　１６３２（寛永９）年、１１歳の時、小學論語貞觀政要（唐の太宗時代の政治を記したるもの）等を講説する。次のように評されている。

　１６３３（寛永１０）年、１２歳の時、林羅山の許可により、見臺を用いて經を講ず。

　１６３５（寛永１２）年、１４歳の時、武家諸法度が制定される。

　この年、伝奏（将軍より天皇への奏上を取り扱う役）の飛鳥大納言（雅宣）が呼び寄せ、和歌を競演する栄誉に預かっている。これが機縁となり、飛鳥大納言、烏丸大納言殿（光広）との親交が始まる。

　１６３６（寛永１３）年、１５歳の時、甲州流兵学「甲陽軍鑑」の著者・小幡勘兵衛景憲に甲州流（武田流）兵学を修める。甲州流軍学は、勝利を得る方策は「武略・智略・計策」であり、これを「よき軍法」、その軍法を実際に生かす為に「よき采配」、「よき法度」が必要と説く。武田信玄の軍師・山本勘助を学祖として祀り上げている。この頃、孔子の「大学」の講釈を行ない、評判を得、既に一家をなす。将軍家光にその才を認められ登用の話があったが家光の死去により叶わなかった。

　１６３７（寛永１４）年、１６歳の時、江戸町奉行や大目付を勤めていた小幡の弟子の北条氏長に兵学を学ぶ。北条は、小幡兵学に加えて倫理的要素の強い兵法を説いた。呼び名も「兵法」ではなく「士法」としていた。オランダ人から当時の西洋の砲術・攻城法についても聞き出している。他方、天照信仰に傾倒し、日本浪漫主義に傾倒していた。素行は、２０歳になるまでに門弟中で上座になって居り、次のように評されている。

　この年、大森信濃守殿（佐久間久七）、黒田信濃守殿（源右衛門）の要望を受け、孟子の講義をしている。蒔田甫庵老人には論語を公儀している。

　１６３８（寛永１５）年、１７歳の時、忌部神道の嫡流・廣田坦斎に両部神道の秘伝を伝授され、神道の奥義を究める。忌部神道の廣田坦斎とは、天孫降臨の際に天児屋根命とともに功労のあった忌部太玉命の後裔であり、忌部流の伝「神代巻神亀抄」、「朱注の神代巻」、「忌部流三種大祓」等の著書があり、忌部流根本宗源神道を提唱していた国学者であった。

　１６３９（寛永１６）年、１８歳の時、両部習合神道の高野山按察使院光宥らに和学、歌学、神道など様々な学問を学び印可が与えられる。この時、次のように評されている。

　１６４２（寛永１９）年、２１歳の時、小幡景憲から甲州流（武田流）兵学の印可を受け秘奧を伝授される。「門弟中汝の如きは一人もなし」と副え状で称賛される。

　この年、「兵法神武雄備集」を著す。孫子の兵法を中心にして兵法を体系的、学問的に初めてまとめ、江戸で山鹿流軍学を講じる。これを山鹿流兵法と云う。素行は武人として実践的な孔子の教え（聖学）の原点に帰ることを主張し、武士道を政治哲学まで高めた。後に、赤穂浪士の討ち入りが起るが、そ戦略や用兵には山鹿流兵法の影響が強く見られる。幕末期の長州藩の倒幕の戦略は吉田松陰が教えた山鹿流兵法に則ったとも云われている。

　注目すべきは、素行が山鹿流軍学を講じ始めたこの頃、江戸では甲州流の小幡勘兵衛、その一派である北條流の北條氏長、由井正雪、丸橋忠弥らがそれぞれ兵学塾を開講し競っていた筈である。この時勢に於いて、素行が山鹿流兵法で登場したことになる。それぞれがどういう相関、反目関係にあったか興味深い。

　１６４５（正保２）年、２４歳の時、旗本の津軽信英が入門し、のちに甥の信政（陸奥国弘前藩主）がこれに倣った。

　この年、家光の御代、浅野長直が播磨国赤穂に移封する。

　１６４６（正保３）年、２５歳の時、桑名藩主松平定綱（越中守）が入門。この当時から早熟の秀才として諸大名、旗本からの召抱えの誘いが殺到したが、若輩である事を理由にいずれも断っている。一説に幕臣への取り立てを志望していたとも云われるが定かではない。

　１６４７（正保４）年、２６歳の時、桑名藩主・松平定綱（越中守）が素行を招いて兵法を聞く。

　この頃のことと思われるが、素行は、紀州藩主徳川頼宣（よりのぶ、徳川家康の１０男坊）の屋敷で、１０歳余年上の由井正雪と出会っている。あえて時候の挨拶以外はいっさいしなかった云々。別の日に頼宣に面会し、「由井正雪は何を考えているかわからない人物だから近づけないほうがいい」と忠告している。頼宣は無視し由井正雪と親交を続け、武装蜂起の際には徳川頼宣の文書が偽造されて使われ、一味との容疑をかけられ、疑いが晴れて地元紀州に戻れたのは１０年後となる。

　１６４８（慶安元）年、２７歳の時、赤穂城築城開始する。

　１６５１（慶安４）年、３０歳の時、兵学者・由比正雪の乱。これにつき「由井正雪の乱」に記す。

　１６５８（万治元）年、３７歳の時、禅宗に接し隠元禅師と問答する。　

　１６５９（万治２）年、３８歳の時、大石内蔵助が赤穂の大石邸に生まれる。

　１６６０(万治３)年、３９歳の時、赤穂藩を致仕(ちし)を辞退し職を辞す。赤穂藩に勤めた期間は７年１０カ月。再び江戸で講義を始め教育と学問に専念する。この時、古学を提唱する。この間、素行は極めて広範な知識を吸収しつつも、満たされないものを感じていた。「配所残筆」によれば、この頃より、後世の書物ではなく、直接、周公、孔子の書を読み、それを手本として学問の方法を正そうと思った。そして、聖人の書ばかりを日夜読み考えた結果、はじめて聖学の道筋を明らかに得心した。

　１６６１(寛文元)年、４０歳の時、赤穂城完成する。

　１６６５(寛文５)年、４３歳の時、１０月、江戸で「聖教要録」（せいきょうようろく）３巻を出版。「山鹿語類」巻３３から巻４３までの「聖学篇」を抜粋要約したものである。武士道とは何かを説き明かした。本書で、当時の官学である朱子学の「儒教古典の朱子学的解釈」を憚ることなく批判し、「周公孔子の書」に直接依拠し「原典に帰れ！」と述べ、原典復古主義と実践主義とを唱導した。「今日日用事物の上」に立つ学問を求めて古学の要を説き、「聖人」「道」「理」「徳」「誠」「天地」「性」「心」「道原」など28の重要語句に対して、簡にして要を得た説明をしている。これにより伊藤仁斎と並ぶ古学派の祖と称されることになる。本書刊行により、本書は幕府から「不届成（ふとどきなる）書物」とされ、素行は播磨赤穂に配流された。

　この年の末頃、父六右衛門逝去のため翌年４月初日まで喪に服す。

　１６６６(寛文６)年、４５歳の時、４月、喪明けと同時に親交のある板倉重矩(内膳正)の老中任命の祝儀に赴いている。９月２１日、板倉から「聖教要録」が朱子学の観念論化を批判しているとして、朱子学を信奉する幕府執権保科正之の忌憚に触れている旨を内報される。素行は後日書面で書籍の意図するところを弁明したが、幕閣に強い影響力を持つ保科の独断が通ったため結局聞き入れられなかった。

　１０月３日、時の執権にして朱子学(崎門学)信奉者である会津藩主の保科正之は、幕府官学である朱子学批判を咎め、朱子学批判の罪で素行の配流処分を通達する。配流先はかって仕えていた播磨国赤穂藩であった。８日に江戸を出立し24日に赤穂到着するまでの間「東海道記」を遺した。配流は１６７５（延宝３）年迄の９年間に及ぶ。その間、四書句読大全、謫居童問、中朝事実、武家事紀など大著を完成し、また自伝の配所残筆を著している。

　この時、赤穂藩士の教育を行う。赤穂藩国家老の大石良雄も門弟の一人であり、良雄が活躍した元禄赤穂事件以後、山鹿流には「実戦的な軍学」という評判が立つことになる。吉良邸討入の後には、山鹿流軍学は、「実戦的な軍学」として江戸中期以降の人気を博した。

　１６６７(寛文８)年、４６歳の時、１１月、浅野長矩が江戸本邸に生まれる。

　１６６８(寛文９)年、４７歳の時、吉良義央（28歳）が吉良家当主となる。この年、学問論「謫居童問」を著す。

　１６６９（寛文９）年、４８歳の時、山鹿素行が「中朝事実」（ちゅうちょうじじつ）（全２巻。付録１巻）を著し、尊王思想を説いた。「中朝」とは世界の中心の王朝の意味であり、日本を指している。万世一系、皇室が連綿と続いている日本は、三種の神器が象徴する智仁勇の三徳において中国よりはるかに優れている、日本こそ世界の中心にある国である、天皇に対する忠義こそ真の忠義であると説いた。中心は日本であるとする独特の日本主義思想を展開し、日本主義思想家の祖とも称せられる。「五十年の夢、いっときに覚（さ）め申し候」と述べている。

　これを概略すれば、日本こそ孔子以前から孔子の教えを実施する道義国家である。「天地の至誠、天地の天地たるゆゑにして、生々無息造物者の無尽蔵、悠久にして無彊の道也。聖人これに法りて天下万世の皇極を立て、人民をして是れによらしむるゆゑん也」。日本こそ「中つ朝｣すなわち「中華」であり、日本書紀を見れば、日本は「葦原中國（あしはらのなかつくに）」と書いてあるように日本こそ中国である。皇祖の天照大神（あまてらすおおみかみ）の統治の御心は「至誠」そのものであり、君子もまた至誠そのものであり、人民も徳に向って生きる。

　さらに素行は、「謹みて按ずるに、五行に金あり、七情に怒あり、陰陽相対し、好悪相並ぶ。是れ乃ち武の用また大ならずや。然れどもこれを用ふるにその道を以てせざるときは、則ち害人物に及びて而して終に自ら焼く」と続ける。武は、「天壌無窮の神勅」によって用いることで、世を浄化し人道を実現する。（「中朝事実」）。武を用いる者、すなわち武士は、みずから進んで人倫の道を歩み、人倫をみだらせるヤカラがいたら、速（すぐ）に罰して、天下に人倫の正しきを保つ。だから、武士は、文武之徳治不備があってはならず、生涯を通じて身を律して生きなければならない、とした。そして武士は、その容貌より言動に至るまで、かるがるしからず。おごそかにして、人々が畏（おそ）るべき者であれ、とした。　

　１６７１（寛文１１）年、５０歳の時、３月、浅野長直（６２歳）が隠居し、長男の長友（２９歳）が赤穂藩を相続する。

　１６７２（寛文１２）年、５１歳の時、７月、浅野長直（６３歳）が亡くなる。１２月、保科正之さん（６２歳）も亡くなる。これにより流罪の処分を解除する動きが出てくる。

　１６７３（延宝元）年、５２歳の時、４月、赤穂藩主の浅野長友（長矩の父）が素行宅を訪れる。この年、大石内蔵助（１５歳）が赤穂藩家老職を相続する。大石良雄の父良昭（３４歳）が療養中の大坂で亡くなる。良雄の祖父・良欽（５６歳）が養父となって、家督を良雄（１５歳）に譲りその養育に当たる。

　この年、「武家事紀」を著す。歴史書・武家故実書で全５８巻（前集３巻、後集２巻、続集３８巻、別集１５巻）によって構成されている。武家の歴史を描くことに主力を置いているが、そのために必要な語句などの詳細な解説が付されており、読者である武家の参考にするための事典としての機能も有していた。また、古案（古文書）からの引用も多くなされている点も当時としては画期的であった。前集３巻は皇統要略、武統要略。後集２巻は武朝年譜、君臣正統。続集３８巻は譜伝・家臣・御家人・諸家・諸家陪臣・戦略・古案・法令・式目・地理・駅路・地理国図。別集１５巻は将礼・武本・武家式・年中行事・国郡制・職掌・臣礼・古実・官営・故実・武芸・雑芸故実。

　１６７５（延宝３）年、５４歳の時、１月、浅野長友が３３歳の若さで死に、長男の長矩がわずか９歳で赤穂藩を相続（襲封）する。

　１月、「配所残筆」を著す。 山鹿素行の自伝的著作であり、１巻は、弟の平馬と娘婿の興信にあてた遺書の形式で書かれている。回想録の形で、素行が仏教，老荘さらに儒学(朱子学)に出入し，最後に朱子学を批判していわゆる古学的境地に至り，また聖人の道を基準として日本がもっともすぐれているとする立場に達するまでの思想的遍歴を自ら説明している。日本最初の自叙伝としても重要である。「この世の現実に即さないで、ただ古聖人に忠実なだけでは自己満足するだけで現実離れしていき、結局、この世を捨てて山林に入り鳥獣を友とするしかない。読書を好んで詩文に耽り、著述をしても実用の役には立たない。（その類のものは）余暇にすべきもの」と陽明学的な言い回しをしている。

　１６７７（延宝５）年、５６歳の時、１月、大石内蔵助さんの祖父で養父良欽（６０歳）が赤穂で亡くなる。内蔵助（１９歳）が大石家と祖父の遺産（１５００石）を相続し、見習い家老となる。大叔父の良重（５９歳）（祖父良欽さんの弟）がその後見役となる。

　７月、赦免され、８月、江戸へ戻る。赤穂滞在は８年９カ月。浅草田原町に住み「積徳堂」と号す。その後の１０年間は私塾を開き軍学を教えた。

　晩年も「原源発機（録）」、「治平要録」などを著した。山鹿流兵学の祖として武家主義の立場をとり、武士階級を擁護した。

　「武士たるものは人倫の道を実践し、農・工・商の模範と成り、三民を教化していかねばならぬ」との理想で武士道精神を啓蒙浄化した。「武教小学」として起居、行住坐臥、衣食住に至るまで細部にわたり教化した。これにより「武士道精神」の根本聖典と成っている。

　１６７９（延宝７）年、５８歳の時、１月、大石内蔵助（21歳）が国家老上席に就任する。

　１６８０（延宝８）年、５９歳の時、５月、４代将軍・家綱が亡くなり、５代将軍に綱吉（３５歳）が就任する。後世、犬公方（いぬくぼう）の異名をとる。側用人になった柳沢吉保（２３歳）が文治政治を推進し、それまでの文武弓馬の道を改め特に忠孝礼儀を強調し始めた。８月、浅野長矩（１４歳）が従五位下・内匠頭に任ぜられる。

　１６８１（天和元）年、６０歳の時、綱吉の御代、８月２３日、浅野長矩（１５歳）が山鹿素行に入門する。

　１６８３（天和３）年、６２歳の時、２月６日、浅野長矩（17歳）、勅使饗応役を拝命する。３月７日、吉良義央（４３歳）、高家肝煎となる。３月２５日、浅野長矩が、吉良義央の指南のもと勅使饗応役を勤め、大役を果たす。この時世話をしたのが大石良重（６５歳）である。４月９日、あぐり（１２歳）が浅野長矩に輿入れする。５月、良重さんが亡くなる。６月２３日、浅野長矩が赤穂に初入部する。

　１６８４（貞享元）年、６３歳の時、８月、浅野長矩（１８歳）と弟の長広（１５歳）が素行（６３歳）の兵法の門弟となる。

　この頃、幕府より赤穂藩へ大猷院殿２５回忌大赦につき素行赦免の沙汰が届き、７月には蟄居が解かれた。８月、江戸浅草に移住して平戸藩松浦家の援助をうけ、私塾積徳堂を開いて軍学を講じたという。

　１６８５（貞享２）年８月、黄疸病にかかり、９月２６日、淺草田原街の家にて黄疸で死去する（亨年６４歳）。法諡を月海院瑚光淨珊居士。墓所は東京都新宿区弁天町1番地の曹洞宗宗参寺にある。

　この年、徳川綱吉は将軍に就任して５年ほど経過している頃で３９歳。松尾芭蕉（ばしょう）は「奥の細」の旅に出る４年前の４１歳。。近松門左衛門は３２歳。その２年前に竹本義太夫（ぎだゆう）の竹本座が「世継曾我（よつぎそが）」という近松の作品を演じて大好評。近松は浄瑠璃作者としての地位を築いた。大石内蔵助（くらのすけ）良雄（よしお）は２６歳。すでに赤穂藩の筆頭家老だった。

　なお、素行が平戸藩主松浦鎮信と親しかった縁で、一族の山鹿平馬は松浦家に召し抱えられ、後に家老となっている。平戸藩では藩学として教えられ、全国の山鹿流兵法を学ぶ者たちが多く平戸を訪れた。平戸城の築城にも山鹿流が目配せしている。