　１７世紀ドイツで一大ブームを起こした後、薔薇十字思想は一旦下火になった。それが約１００年後、レナトゥス牧師によって錬金術的薔薇十字思想として復古した。これに異国風の儀式や大げさな称号をもつフリーメイソンの分派「スコティッシュメイソン」の手法が流入し、「黄金薔薇十字団」が現実に存在し始めた。古い薔薇十字団と黄金薔薇十字団の大きな違いは、錬金術の扱いにある。初期の団の考えでは内的（霊的）充実を尊び、外的要素である錬金術を非難してさえいた。対して黄金薔薇十字団ではフリーメイソンの影響で錬金術が活発で、黄金錬成や錬金霊液（エリクシル）生成などを行った。また、ヘブライ語（大アルカナ参照）を神的起源をもつ文字として重要視し、輪廻転成を信じた。

　１７６６年、オーストリアで薔薇十字禁止令が発布され、勢力を弱めた。１７６７年、第一の改革で組織が整備され（支部の設置、人員制限）、聖書色が強まった。１７７７年には第二の改革が起き、位階制度と儀礼が整備された。位階には９つあり、それぞれに象徴する数や記号・色、集会の日時場所、教材、入会費などが設定された。上から２番目に高い第８位「マギステル」の導師（師匠）は「ゆで卵からヒナを孵す能力がある」といわれた。

　１７８１年、プロイセン王フリードリヒ・ウィルヘルムは、既に団員だった侍従の勧めで黄金薔薇十字団に入団する。フリードリヒはベートーヴェンやモーツァルトを庇護するなど芸術に造詣深い人物だったが、政治には優柔不断で、団での師匠であるヴェルナーの言うままに国の中枢に団員を多数迎えた。しかし、1797年の王の薨去によって薔薇十字勢力は宮廷から一掃された。

　１８世紀のフランスには、フリーメイソン系とは別の薔薇十字協会が存在した。１８８８年にはド・ガイタ侯爵とペラダンが「薔薇十字=カバラ教団」を設立。神秘学の古典の研究、瞑想での霊的なものとの交流などを目的とした。１８９０年、ペラダンが離反し「カトリック薔薇十字=聖杯神殿教団」を設立。聖霊の支配する時代の到来を見据えて慈善事業を行った。また芸術活動を展開し、絵画展覧会・演劇・演奏会を催した。この教団は１８９７年のペラダンの死去で消滅したが、薔薇十字=カバラ教団は長く存続し、のちに多数の分派を生み出した。現代のアメリカの多くの薔薇十字グループが、このフランス分派を祖とすると名乗っている。

　イギリスでは1860年代以前に、フリーメイソン系の「イギリス薔薇十字協会（SRIA）」が起こり、薔薇十字思想の研究を行っていた。その会員のウェスコットらが中心となり、1888年に「黄金の夜明け団」を創立する。それまでのオカルト学を結集し、カバラ・錬金術・タロット・占星術・薔薇十字思想などを融合させた一大結社で、黄金薔薇十字団の位階を有した。さらに上位には内的結社「紅薔薇=黄金十字（RRAC）」があり、ローゼンクロイツの墓所を発見する過程を再現した儀礼を用いた。

　黄金の夜明け団員だったA・E・ウェイトは魔術的要素を嫌い、1914年に「薔薇十字教団」を設立した。これも「黄金薔薇十字の至聖なる教団」という上位結社をもっていた。教団は1942年のウェイトの死去で消滅するが、のちに復活し、フリーメイソン的に修正されて現代に至る。ウェイトは、現在主流のタロットの１つである「ライダース版」の作者でもある（タロットカード参照）。

　アメリカには、1690年代にはドイツ移民による萌芽が既にあったといわれるが、本格的になったのは19世紀からである。1879年にスコットランド薔薇十字協会のフィラデルフィア支部が設置されたのを始めに、翌年、統括組織「アメリカ共和国（のち合衆国）薔薇十字協会（SRICF）」が発足。各地に支部が置かれ、現在も存続している。

　１８８６年、薔薇十字カバラ会と慈善カルメル商会が抗争。１８９１年、ブーラン逝去。享年６９歳。

　１８９０年、薔薇十字カバラ会のペラダンが脱会し、カトリック薔薇十字会を創立。１９１８年逝去。

　現在あるアメリカの薔薇十字組織として最も大きなものは、1925年にルイスが設立した「古代神秘=薔薇十字教団（AMORC）」で、カリフォルニアに町の１ブロックをしめるエジプト風の本部を有し、世界中に会員をもつ。この地位は、クライマー設立の「薔薇十字友愛団」との激しい論争の末に得たものである。ほかに、占星術を重視するハインデル設立の「薔薇十字教団」、薔薇十字劇場を運営する「薔薇十字コロナ教団」などがある。