第一次ユダヤ戦争（66-70年）の結果としてエルサレム神殿が崩壊した後で、（現在のユダヤ教主流派に近い）ファリサイ派がヤムニア会議で（旧約）聖書正典を決定するプロセスにおいて、ギリシア語の七十人訳聖書を主要テキストとしたキリスト教と完全に袂をわかつことになった。ここにおいてユダヤ教とキリスト教の信条の相違は決定的となる。これ以降「キリスト教」としての歴史が始まったといえる。

　ユダヤ戦争以後、キリスト教内のユダヤ教徒は多くが離脱し、またエルサレム教会の権威が失墜する中で、ギリシア語圏のユダヤ人や非ユダヤ人が新たな担い手となった。それがどのような過程を経て、4世紀頃に見られる古代教会組織に至るかの詳細は史料不足のため不明である。現在の教会組織と役職および称号が固定するのは６世紀である。

　使徒行伝の構成とルカ書の構成には共通点が見られる。たとえばルカ福音書はローマ帝国（の人口調査）に関する記述から始まる。物語はイエスが故郷ガリラヤを出て、サマリアからユダヤへゆき、エルサレムで十字架にかけられるところへと展開していくが、そこで復活し、昇天して栄光を受けると結ばれる。

　使徒行伝はこれと呼応するかのように、エルサレムから使徒の活動が始まり、ユダヤからサマリアへと広がり、やがてアジア地方をへてローマ帝国の中枢にいたるという構成になっている。このような文章の組み立てをキアスムス構造（X字構造、交差法）という。キアスムスでは構成の中心に位置する部分が重要なのでこの場合は、中心にある「エルサレム」および｢イエスの復活と昇天｣が著者にとってもっとも重要なものであることを示している。

　このような使徒行伝の地理的展開は冒頭におけるイエスのことばであらかじめ示されている。つまり 「あなたがたはエルサレムだけでなく、全ユダヤとサマリア、さらに全世界にいたるまで私の証人となる」という記述である。これがエルサレム（1章〜5章）、ユダヤとサマリア（6章〜9章）、全世界（10章〜28章）という使徒行伝における物語の舞台の展開に対応している。

　また使徒行伝はペトロとパウロという二人の使徒の活躍が中心であるが、それによって全体を二つに分けることができる。つまりペトロの活躍（1章〜12章）の部分とパウロの活躍（13章〜28章）の部分である。

　使徒行伝は2世紀の頭にはすでに存在していたことが他の資料から確認できる。すくなくともマルキオンの活躍した時代（120年〜140年）に存在していたことは間違いがない。またポリュカルポスやアンティオキアのイグナティウスの書簡からも使徒行伝の存在が伺われることや、使徒行伝13章22節の記述と『コリントの信徒への手紙一』18章1の引用する詩篇89：20が（本来の詩篇にはない）同じ文章であることが偶然ではないと考えられることなどから、使徒行伝は96年にはローマで、115年までにはアンティオキアとスミルナで広く読まれていたことが明らかである。

　成立時期が70年より前ということは考えにくい。ルカ福音の序文はイエスを直接知る世代がいなくなったという事実をほのめかしているからだ。研究者たちの間でもっとも可能性が高いといわれているのが80年ごろである。75年から80年の間に成立したという説の支持者もいるが、70年から75年という説はほとんど支持されない。使徒行伝にはフラウィウス・ヨセフスの著作との共通点があることから著者はヨセフスを参照していると指摘するものもいるが、それが正しいとすると100年以降の成立になってしまうため、説得力は弱い。使徒行伝が他の記録で言及される最古の例は177年を待たなければいけないが、これは成立時期を示すものでなく、ただ使徒行伝という名前がついていなかっただけなどいくつかの説明ができる。

　使徒行伝がどこで書かれたのかというのはいまだに答えが出ていない問題である。伝承ではローマあるいはアンティオキアで書かれたとされていたが、本文からはローマ帝国のアジア属州のいずれか、おそらくエフェソス近辺という可能性がうかがえる。

　イエス教は、特にネロ、ドミティアヌス、デキウス、ディオクレティアヌスといった皇帝のもとで大々的な迫害が行われた。しかし、イエス教の広まりは衰えることなく、殉教者の地理的広がりから、２世紀末には、ローマ帝国全域に教会は組織を広げていたと推測される。また３世紀にはエジプトから砂漠での隠修修道が広まり、独居あるいは集団で荒野で修道生活を行う者（修道者）が多数出た。

　１世紀後半から２世紀までの教会内文献（使徒的教父文書）などからの推測によると、この頃、エルサレムのヘブライスト（ユダヤ系）教会と、シリアやエジプトのヘレニスト（ギリシア系）教会とで異なる文化圏の教会が形成されていたが、使徒たちがそれぞれの文化圏を認めていた。カトリック教会によれば、ヘブライスト教会は使徒（司教）と長老（司祭）、ヘレニスト教会は監督（司教）と執事（助祭）と、組織体型（ヒエラルキ）が異なった特徴を持っており、やがて全土の教会において司教、司祭、助祭というヒエラルキが普及するようになる。

　２世紀中頃、マタイ、マルコ、ルカ、ヨハネによるイエスの言行を記録した「福音書」、使徒の活躍を述べた「使徒行伝」、書簡集を集めた「新約聖書」がヘレニズム世界で広く使われたギリシア語で編纂された。（現在の形の「新約聖書」が正式に公認されるのは３９７年のことである）

　さらに多神教世界に布教する際、キリスト教は他の宗教の神殿の場所に教会を建立することを奨励した。この結果、多く女神の神殿が聖母マリアに捧げられる教会に変えられた。そのような女神の例としてミネルヴァ・イシスなどがある。時には異教の神像をそのまま流用することもあった。その例として、イシスとオシリスの像をマリアとイエスの聖母子像へ転用したことなどが指摘される。

　禁令解除以後は弾圧の際の殉教者を積極的に称揚することが行われ、諸聖人の記念日や聖像（イコン）が使用されるようになった。

　異教の多神教的世界観に慣れた古代人にはキリスト教の一神教的世界観を理解することが困難であるが、これらの一種多神教的な事物を内部に取り込むことは彼らへの布教を推進させる力となった。

　また東ローマ帝国において、キリスト教の布教は帝国に親和的な環境を作ることにつながるため、東ローマ帝国皇帝は積極的に他民族への布教を後援した。

　古代の神学の中心は主に東方のギリシア教父によるものであった。アレクサンドリアのオリゲネス、アタナシウス、カッパドキアの三教父のバシリウス、ナジアンゾスのグレゴリオス、ニュッサのグレゴリオスなどである。やがて西方のラテン教父のアウグスティヌスなども影響を与えている。こういった神学の発展にともない教理論争が激しくなる。そのため、しばしば地方教会会議や普遍公会議が行われるようになった。

　2世紀以後、マニ教の流入や、モンタノス派やアリウス派が起こり、教会内での意見の統一が難しくなった。とくに4世紀以降、キリストの位置付けをめぐる一連の神学論争が教会の分裂を招くまでになった。キリストの位置付けをめぐるアリウス派とアタナシウス派の論争は、暴力を伴う争いを招くまでに加熱していった。

　歴代皇帝の数次にわたる迫害にもかかわらず、４世紀にはキリスト教を公認する国が現れるようになった。

　３０１年、アルメニア王国が初めてキリスト教を国教と定めた。

　３１１年、ガレリウス帝が大迫害の後に寛容令を出した。

　３２５年、ローマ皇帝コンスタンティヌスは、キリスト教の教義論争による抗争を解決するため、小アジアのニカイアで全教会の司教、長老など約３００名を集め公会議を開いた（「ニカイア公会議」）。ローマ皇帝がキリスト教に介入したのはこのときが最初である。コンスタンティヌスは公会議の時点はキリスト教徒ではなかった（洗礼を受けたのは死の直前）。あくまでもローマ帝国の求心力低下の課題解決に図るためキリスト教の勢力を利用することがコンスタンティヌスの意図であった。

　ニカイア公会議は激しい論争の末、「父なる神と、子なるキリストおよび聖霊とは、三つでありながらしかも本質的には同一である」という三位一体説を唱えたアレクサンドリアの助祭のアタナシウス（２５９頃〜３７３）の説を正統とし、アレクサンドリア教会の長老のアリウス（２５０頃〜３３６）のキリストの神性を否定し、人性を重んじる、いわゆるアリウス派を異端としローマ帝国から追放した。アリウス派は以後ゲルマン人の間に広まって行く。

　キリスト教を公認したコンスタンティヌス帝の甥に当たるユリアヌス（在位３６１〜３６３）はギリシア文化に心酔し、ミトラ教などの密儀宗教にひかれ、即位後異教に改宗し、キリスト教を弾圧したため「背教者」と呼ばれた。

　４３１年、皇帝テオドシウス２世により開かれたエフェソス公会議が開かれ、コンスタンティノープルの総大司教であったネストリウス（?〜４５１頃、在位 428-431）は、キリストは「神」でありかつ「人」であると主張しました。すると、聖母マリアも人の母であったことになる。イエスと聖母マリアの神性説に反対し、イエスについては神・人両性説をマリアについては非聖母説を唱えた。ネストリウス派も異端と宣告され、国外追放となった。

　異端宣告されたネストリウス派ははエジプトに亡命し、ネストリウス信者はササン朝ペルシャに亡命した。イラクのアッシリア教会(ネストリウス派)およびその分枝であるインドのトマス派教会(マラバル派)に継承された。ササン朝ペルシアを経て唐代の中国に伝わり、景教と呼ばれ栄えた様子は、長安の大秦寺内に建立された「大秦景教流行中国碑」に詳しく書かれている。

　４５１年、皇帝マルキアヌスがカルケドン公会議を開き、キリスト単性論と両性論が争われ、一時は単性論が有利な様相を呈したが最終的に単性論が異端とされた。しかし、シリアやエジプトを中心に単性論を支持する教会が多くあったため、各教会で対立司教が立つほどの分裂が生じた。単性論は、エジプトのコプト正教会や、その姉妹教会エチオピア正統教会、シリアのシリア正教会(ヤコブ派)や、元小アジア（現在はコーカサス地方）のアルメニア使徒教会など現在東方諸教会と呼ばれる教派につらなっている。

　このように異端説を切り捨てることにより、正統派のキリスト教は自らの教義を洗練させ確立していった。言い換えると排除するべき異端の対比として、この時代に「正統」信仰が誕生したといえよう。