　１９９７．８．２６日、第三次訴訟の最終審として最高裁第三小法廷で最高裁判決（大野判決）が出された。これが家永教科書最後の判決となった。判決は、検定制度自体は合憲としながらも検定における裁量権の逸脱を一部認め、草莽隊他に加え731部隊、「南京戦における婦女暴行」の記述に関する検定も違法とし、国側に４０万円の賠償を命令した。

　判決は、これまでの判決同様検定制度を「合憲」とした。次のように述べている。

　「一般図書としての発行を何ら妨げるものではなく、発表禁止目的や発表前の審査などの特質がないから、検閲にあたらない」。

　この教科書検定制度合憲判決により、家永側の実質的敗訴が確定した。学説の大多数もこの判例を支持している。

　検定制度が必要という合理的な理由としては、子どもの批判能力がまだないこと、教育内容が正確、中立、公正であること、それが全国的に一定の水準であること、教育内容が子どもの心身の発達段階に応じたものにしなければいけないことが要請された。またこの検定制度について、「看過し難い過誤」として従来の「草莽隊」、「南京大虐殺」、「南京戦における婦女暴行」」のほかに、「731部隊」が新たに違法とされたのである。

　１９８０年代の教科書検定をめぐり、書き換えを命じられた家永三郎・東京教育大名誉教授が、国に損害賠償を求めた第３次教科書訴訟の上告審口頭弁論が１８日、最高裁第３小法廷で開かれ結審した。提訴以来、１３年半にわたった３次訴訟もいよいよ８月２９日には判決が出る。

　８３歳の家永氏は最後の意見陳述で美濃部達吉博士が１９３９年「帝国大学新聞」に寄せた一文を読み上げ、長かった裁判闘争を締めくくった。

　「司法権の独立は、単に政府の圧迫に屈しないことによって保たれるものでなく、それより大切なことは、司法当局が進んで政治勢力に迎合するような傾向がいささかなりともあってはならないことである」。

　最高裁第三小法廷は、制度は合法であるが、行政裁量権の逸脱があって不当行為であるとして国家賠償を行うべきである、と判決した。

　検定制度については、次のように判決した。教育基本法１０条で、文部行政に於ける「諸条件の整備」が要請されている。検定制度は「諸条件の整備」にあたる。よって、検定制度は合憲である。

　それを踏まえて、検定に伴う改善意見、修正意見を政府行政が行なってよいのかどうか。政府行政が行なうことは「不当な支配」になるのではないかという面が問われた。判決文は、改善意見、修正意見は文部大臣が行ったとしており、厳密な意味では「不当な支配」にあたることになる。よって、政府行政の裁量権の範囲として「裁量基準」枠を設ける必要がある。「学説状況、教育状況についての認識を逸脱しない」を基準にすべし。

　文部大臣は次のように談話した。

　「判決は教科書検定制度の正当性と必要性を確認した上で、検定意見の一部について違法と判断した」。

　菱村幸彦（国立教育研究所所長・前初中局長）氏は次のように談話した。

、「この裁判によって教育界に実りをもたらしたものは何一つないと考える。これからの教育論議は法律の用語ではなく、教育の言葉で真摯に、穏やかに話し合いたい」（朝日新聞８月３０日）。

　ドイツのように関係国の専門学者による会議制にすべきですよ。

　歴史記述については、次のように判決した。二審は、次の歴史事項記述につき、行政裁量権の逸脱（不当行為）があったと認定した。１・「南京大虐殺」、２・「日本軍の残虐行為」、３・「草莽（そうそう）隊」。最高裁第三小法廷は新たに４・「七三一部隊」、５・沖縄戦の「集団自決」をめぐる検定意見の違法性を加え、計５項目が行政の裁量権の範囲を逸脱した不法行為に当たり、国家賠償を行なうべきであるとした。

　家永教授は次のようにコメントした。

　「判決は検定意見が違法を含むものだということを最高裁が認めた。違法としなかった部分でも裁判官の意見は違法、合法で割れている」。